한국의 역사와 학교의 역사에 관련한 자료를 수집·연구·관리·전시함으로써 우리역사를 재조명하고 교직원과 학생, 지역주민들에게 문화공간을 제공하기 위하여 설립되었다.
대전보건대학교박물관은 1992년 3월 1일 박물관 규정을 제정하고, 1992년 5월 14일 학칙에 의하여 설립이 인가되면서 부속박물관으로 설립되었다. 초창기의 직제는 관장·학예과장·관리과장·학예연구원의 체제로 구성하였으나 이후 학예과장과 학예연구사로 하여금 관리업무를 겸임케 하였다.
설립 초기에는 학예연구실을 중심으로 대전지역 역사유적에 대한 간단한 지표조사를 실시하였다. 즉 대전시 동구 주산동 고분군의 지표조사를 시작으로 하여 1993년 9월1일부터 1994년 1월 11일까지 경상북도 청도군 운문댐 수몰지역내에 분포한 삼국시대의 고분군을 발굴조사하였다. 1994년 11월 본관 공사가 완공되면서 1995년 3월 본관 3층에 관장실·학예연구실·수장고·자료정리실·전시실을 갖추게 되었다. 전시공간이 넓어지면서 충남 보령시 관창리 선사유적지, 대전 송촌동 문화유적, 청양 관현리 기와 가마터 조사 등 지속적 자료수집으로 이어지게 되었고, 교직원들은 의료기기, 교지, 학보, 민속자료 등을 기증하였으며 관리과에서는 개교 당시의 사무집기 등의 자료를 기증하여 역사자료와 학교사자료를 함께 보유하게 되었다.
1998년 10월 18일 전시실을 공개한 이후 10여년간은 자료수집과 전시활동이 중심이 되면서 한편으로는 간단한 지표조사와 함께 숭현서원지 발굴조사보고서(2002), 보령 관창리유적 발굴조사 보고서(2002), 대전 송촌동유적 발굴조사보고서(2002) 등 조사보고서발간에 진력하였다. 1998년 10월 16일에 한국대학박물관협회 회원교로 가입하였고 2001년 1월 26일 문화관광부 제1종 박물관(전문박물관)으로 등록하였다. 2007년 8월에는 대전광역시박물관협의회 회원관으로 가입하였다.
대전보건대학교박물관은 박물관고유의 목적사업인 역사자료와 학교사자료를 수집하기 위하여 대전·충남지역에 대한 물질자료를 중심으로 2013년 학교홍보관의 개관을 위하여 진력하고 있다. 아울러 자료수집의 다변화를 위하여 주변지역에 대한 유적답사도 연속적으로 실시하고 있다. 이들 지역에서 수집한 자료는 수장고에 체계적으로 분류·전시하여 재학생의 교육에 이바지 하고 있다.
교육사업으로는 해마다 봄과 가을로 나누어서 교직원, 재학생을 대상으로 문화유산답사회와 전통문화체험교실을 운영하고 있는데, 강화의 역사와 문화, 경주남산의 불교문화, 지리산의 불교문화를 주제로 답사를 실시하고 있다. 장기적으로는 우리문화에 대한 특강도 병행할 계획에 있다. 직원소양교육을 위해서는 교외에서 시행되는 보존과학연수, 학예사연수회 등에 참여하여 새로운 지식과 관련분야에 대한 정보를 획득하여 박물관운영에 활용하고 있다. 아울러 한국대학박물관협회와 대전광역시박물관협회에 회원관으로 가입하여 박물관 사이의 네크워크 구축에 노력하고 있다. 박물관조직은 관장 아래에 관리과장이 보임되어 시설관리, 소장유물과 유물수장고 관리, 보존처리 등의 업무를 담당하고 있다.
한국의 역사와 대전보건대학교의 역사를 종합적으로 전시하고 연간 2회에 걸친 문화유산답사를 통하여 재학생과 졸업생 그리고 교직원들에게는 학교에 대한 자부심을 가지도록 하면서 나아가서는 우리역사에 대한 중요성을 일깨우는 기회를 제공해주고 있다.