조선종교인협의회는 1989년 5월 조선불교도연맹, 조선그리스도교연맹, 조선카톨릭교협회, 조선천도교회 중앙지도위원회, 조선정교위원회를 포괄하는 제 종교단체의 협의체로 결성되었다. 1980년대 말 남북대화 및 통일논의의 대남선전과 종교 분야의 국제적 교류 및 협력 강화를 위한 창구역할을 목적으로 설립되었다. 이는 탈냉전 이후 남북 대화 및 국제사회와의 교류가 확대됨에 따라 이를 위한 창구로서 통합적 종교단체를 만들어 관리할 필요성이 생긴 데 따른 것이다.
조선종교인협의회는 주요 사업으로 1990년대 이후 미국의 선교단체들을 평양에 초청하는 등 서방국가의 종교단체들과 접촉을 적극적으로 시도하면서 대외적 활동이 활성화되기 시작하였다. 특히 남북 교류가 진행되면서 남북한 동시 미사, 공동예배, 동시 법회 등의 활동을 지원하고 있다. 또한 1997년 1월 종교인협의회 성명으로 남한 천주교, 기독교, 불교를 비롯한 여러 종교 단체들이 노동계의 총파업과 반정부투쟁을 전개할 것을 호소하는 등 대남 선전 기능을 하고 있다.
조선종교인협의회는 북한에도 종교의 자유가 있고 종교인들이 있다는 점을 대외적으로 홍보하기 위하여 활용되고 있다. 하지만 실질적으로 종교 활동을 제한하고 있고, 협의회 회원들은 조선로동당에 충성하는 당원들로 이루어져 있어 포교나 선교 등의 순수 종교활동은 하지 않는다.