1999년 1월 설립되어 통일부 사단법인으로 등록되었고, 같은 해 2월 창립대회를 개최하여 북한로동당 비서 황장엽을 명예회장으로, 전 북한로동당 간부 김덕홍을 회장으로 선출하였다. 이후 탈북자들의 정착을 지원하기 위한 교육과 취업 상담 등의 사업을 하고 있다.
북한으로부터의 사회변화를 유도하여 통일에 이바지하고 동지회 회원 및 탈북자들 상호간의 이해와 화합을 도모하는 것을 목적으로 하고 있다.
사업분야는 크게 북한민주화, 탈북자 권익보호 및 정착지원, 친목활동 등으로 나눌 수 있으며, 월간회보 『탈북자들』을 발간한다. 구체적으로 탈북자들의 정착지원을 위한 ‘하나교실’과 ‘서울말교실’ 등을 운영하고, 탈북자들의 취업을 지원하고 있다.
비 상설기구로서 탈북자동지회 사무국과 서울 4개 지부를 비롯하여 경기, 경남, 충청, 전라지부 및 여성회로 구성된다. 회장 1인과 사무국장 1인, 10명 내외의 이사를 두고 있다. 최근 다수의 탈북자 단체와 함께 탈북자 강제북송 반대 운동 및 대북전단 살포 등에 참여하는 활동들을 하고 있다. 탈북자동지회 5대 회장 홍순경(전 북한외교관)이 박근혜 정부 국민대통합위원회 민간위원 임명되기도 하였다.