한중 양국이 각각의 배타적 경제수역(EEZ)을 선포한 이후 양국 간 수역 거리가 400해리 이내이기 때문에 해양경계획정은 장기적 사안이 되었다. 이에 서해 수역 획정과 어업협력을 위하여 1993년 12월부터 19차례의 회의를 진행하였다. 한중어업협정은 2000년 8월 3일 정식 서명이 이루어졌고, 국회 비준을 거쳐 2001년 6월 30일 공식 발효되었다.
1994년 11월 ‘바다헌장’이라고 불리우는 유엔해양법 협약이 발효됨에 따라 각국은 200해리(360km)의 배타적 경제수역을 선포하였고, 우리나라는 1996년에, 중국은 1998년에 각각 배타적 경제수역 제도를 도입하였다.
그러나 한 · 중 양국 간 수역 거리는 최대 280해리로 400해리에 미치지 못하기 때문에 해양경계획정은 장기화되었고, 양국은 해양경계획정 이전에 서해에서 수역 획정의 필요성이 있었다. 이에 한중어업협정은 양국의 공동 관심사항인 해양생물자원의 보존과 합리적 이용을 도모하고, 해상에서의 정상적인 조업질서를 유지하며, 어업분야에서 상호협력을 강화 · 증진하기 위한 목적으로 체결되었다.
그리고 2000년 한중어업협정이 체결됨에 따라 1999년 기체결한 한일어업협정과 더불어 한반도 인근 해역에서 새로운 어업질서가 형성되었다.
1993년 12월부터 양국 정부는 어업협정 체결을 위한 실무회담을 시작하였으며, 19차례의 회의를 거쳐 1998년 11월 11일 협정문안에 가서명하였고, 2000년 8월 3일 정식 서명하였다. 2000년 11월 20일 양해각서의 서명을 거쳐 한국 정부는 2001년 2월 국회에 협정비준 동의안을 제출하였고, 그해 2월 28일 본회의에서 가결되었다. 이후 2001년 4월 열린 한중 수산당국 간 회담에서 최종 합의가 이루어졌고, 2001년 6월 30일부터 공식 발효되어 현재까지 이어지고 있다.
이 협정의 체결로 한중 양국은 배타적 경제수역을 선포한 상황에서 일방적으로 관할권을 행사할 경우 예상되는 충돌을 방지하고 해양생물자원을 합리적으로 보존하고 이용할 수 있게 되었다. 총 16개의 조항과 두 개의 부속서로 구성된 한중어업협정의 주요 내용은 ① 어업수역의 구분(배타적경제수역, 잠정조치수역, 과도수역, 현행조업유지수역), ② 허용 어선 수의 제한 및 허용 어획량의 설정, ③ 연안국의 법령 준수의무 및 관련법령의 투명성 명시, ④ 어업자원보존 협력, ⑤ 조업질서유지 및 행사사고 처리, ⑥ 어업공동위원회 설치 등이다.
또한 협정에 따르면 서해중간선을 기준으로 하여 양측의 면적이 비슷한 수준에서 양국어선의 공동조업이 가능한 약 8만 3천 평방킬로미터에 달하는 ‘잠정조치수역’을 설정하였다. 잠정조치수역은 200해리가 겹치는 수역으로 그 북방한계선은 서해특정금지구역과 접하는 북위 37도로, 남방한계선은 북위 32도 11분으로 하고 있다.
과도수역은 잠정조치수역 좌우 20해리의 폭에 해당하며, 그 북방한계선은 북위 35도 30분으로, 남방한계선은 우리측 북위 32도 11분이다. 공동조업이 가능하지만 발효일부터 4년 후인 2005년 6월 30일부터 연차적으로 감축하여 양국의 배타적 경제수역으로 편입되는 수역이다.
현행조업유지수역은 남해 먼바다 일부수역으로 별도의 협의가 없는 한 당분간 현행대로 조업하는 수역이다. 위의 수역 외에 배타적 경제수역 협정수역 내에서 조업을 하고자 하는 외국 어선은 상대 당국의 허가를 받아야 한다. 즉 배타적 경제수역 협정수역은 연안국이, 잠정조치수역과 과도수역은 어업공동위원회가, 현행조업유지수역은 양국 정부 간 별도의 합의로 관리되는 질서가 구축되었다.
이를 위해 한중 양국은 한중어업공동위원회를 설치하였고, 협정의 유효기간은 5년이며 이후에도 일방 당사자가 1년 전에 사전 서면통보를 하기 전까지 그 유효성은 지속된다.
협정 체결로 인해 한국 정부는 서해 관리해역을 설정하고 어종별 및 연차별 쿼터를 설정하여 자원의 보존 및 관리가 가능하게 되었고, 어선규모 및 척수를 제한하여 어획노력을 규제할 수 있게 되었다. 또한 불법조업을 단속하고 어업분쟁의 평화적 해결이 가능하게 되었다. 이에 따라 한중 양국간의 현실적인 배타적 경제수역 범위를 확인하는 유일한 장치이기 때문에 한-중 양국의 어업협력 및 새로운 국제어업질서를 구축하는 데 있어서 중요한 역할을 하였다.
그러나 어업협정은 어업에 관한 쌍방 체약국의 이해관계를 조정하여 합의한 것으로 어업 이외의 국제법적 문제 즉 도서영유권, 해양경계의 획정, 대륙붕의 개발, 해양과학조사활동, 해양환경의 보전과 같은 문제에는 영향을 미칠 수 없도록 자체에 규정을 두고 있다.