교육을 통해 중·소령급 장교의 제병협동 및 합동·연합작전 수행능력 구비와 군사전력, 합동기획, 합동·연합작전 기획수립 및 수행능력을 구비한 전문가를 육성하기 위해서 설립되었다.
2011년 1월 초, 모종화 소장(육사 36기)을 단장으로 ‘합동군사대학교 창설준비단’이 구성되었다. 이후 국방정책회의(4월 29일)와 군무회의(7월 5일)를 거쳐 11월 10일 국방부 일반명령 제2011-171호로 창설지시가 내려졌으며, 11월 30일 대통령령23333호로 「합동군사대학교令」제정되었다.
기존의 3군 대학(육군대학, 해군대학, 공군대학)을 통합하여 창설한 합동군사대학교는 국방부 직할기관으로서 합참의장 및 각 군 참모총장은 장관으로부터 위임된 범위 내에서 전문성 강화를 위한 합동교육 및 자군교육을 통제할 수 있는 권한을 갖는다.
합동군사대학교의 합동기본 정규과정은 총 48주로 육·해·공군 소령을 대상으로 하며 자군 작전계획 수립 및 수행능력 숙달, 타군 기본교리, 무기체계, 작전계획 이해 및 숙지, 합동개념 및 합동기획 체계 이해, 합동·연합 작전계획 수립 및 수행능력 숙달을 목표로 하고 있다. 이 외에도 합동기본 단기과정, 합동고급과정, 국방어학원과정, 원격교육과정 등이 있다. 전문가 양성을 위해서 전문성교육 70%, 합동교육에 30%의 비중을 두며, 특히 전술 담임교관이 도제식으로 학생장교들을 지도하는 전담담임교관제도를 운용하고 있다.
2012년 합동기본 정규과정 입교식에는 각 군에서 선발된 326명의 학생장교와 미국·필리핀 등 12개국에서 한국군을 배우러 온 22명의 외국군 학생장교 등 총 348명의 교육생들이 처음으로 입교하였다. 특히 육군 200명, 해군 54명, 공군 72명 등 326명의 학생 장교들은 합동대가 창설된 이후 합동성을 기반으로 개정한 교육과정에 첫 입교하는 자원들로 각 군에서 엄선해 선발된 우수인력들이다.
합동군사대학교의 교육과정을 이수한 학생장교들은 자군은 물론 각 군의 작전계획·교리, 무기체계 숙지 및 합동성과 연계한 국방정책 및 합동기획체계를 이해하며 합동·연합작전 수행 능력을 구비한 군사 전문가로 거듭나게 될 것으로 기대된다.