1950년 한국전쟁이 발발하자 캐롤(George Carrol) 신부와 미 감리교 쇼우(W.E.Shaw) 목사는 미8군과 교섭, 6월 27일 일본으로 건너가 맥아더 장군의 극동 사령부 군종과장 이반 베넷(Ivan L.Bennet) 군목과 죤단(John Dahn) 신부를 만나 한국에 진주하는 미군에 종사할 것을 논의하였다.
동년 9월 18일 한국교회측에서도 연합회의를 갖고 장로교, 감리교, 천주교, 구세군, 성결교 등에서 3인으로 구성된 군목제도를 창설하기 위한 추진위원회를 조직하였다. 그 대표로 장로교 한경직 목사, 감리교 유형기 목사, 천주교 정로사 신부 등이 선출되었다.
1950년 9월 19일 대표들은 이승만 대통령을 예방하여 군목 제도 창설을 위한 구체적인 논의를 하였다. 동년 12월 21일 대통령 지시 국방부신 제29호로 연구 논의되었다.
1951년 2월 7일 국본 일반명령 제31호에 의거 육군본부 인사국안에 군승과가 설치되었고, 동년 2월 28일 제1차로 32명의 목사, 신부가 지원 입대하면서 발족되었다.
(1) 초창기(1951∼1954)
처음 군목들이 입대한 후 무보수 촉탁으로 있다가 문관 시절을 거쳐 군종감실을 설치하였다.
(2) 개척기(1954∼1962)
군종의 신분이 장교로서 확정되었다. 업무규정을 위시해서 군종예산 등이 책정되어 일할 터전이 만들어졌다.
(3) 활동기(1962∼현재)
1970년말 군종감의 계급이 장군으로 인가되었다.