1946년 2월 1일 소련군정의 인가를 받아 설립된 ‘천도교 북조선종무원’을 모체로 하여 탄생하였다. 청우당이 1946년 2월 8일 창당된 이래 현재까지 계속 존속해 오고 있는 반면, ‘천도교 북조선종무원’은 1949년 사라졌다가 1974년 2월 15일 현재 ‘천도교회중앙지도위원회’라는 이름으로 출현하였다.
이 단체는 1970년대 재출현 이후 부터 대남선전활동에 이용되고 있으며, 1986년 4월 천도교 창도 126주년 기념행사를 처음으로 개최한 후 부터는 해마다 북한의 대외정책을 지지·옹호해 오고 있다. 실제로 조선천도교회는 중요행사에서 “김일성, 김정일의 영도를 받들어 나가야 천도교의 이념이 구현된 지상천국의 염원을 실현할 수 있다”고 주장, 김일성 부자세습체제의 당위성을 부각시키기도 했다.
육군중장 예편후 외무부 장관을 역임하고 제7대 천도교 교령을 맡았던 최덕신이 1986년 북한으로 월북하여 1989년 3월 천도교 청우당 중앙위 위원장, 조선천도교회 중앙지도위 위원장, 같은 해 5월 조선종교인협의회 회장 등을 역임하면서 천도교 남북합작을 내세우며 남한정부를 압박한 바 있다. 한편 1997년 8월 남한 천도교 24대 교령을 지냈던 오익제 또한 월북하여 2012년 9월 1일 북한에서 사망하였다.