1970년 7월 15일 한국경영자협의회라는 이름으로 설립되었으며 1974년 4월 18일 한국경영자협회로 개칭했다가 1981년 2월 24일 현재의 명칭으로 변경되었다. 1974년 6월 3일에는 국제사용자기구(International Organization of Employers: IOE) 회원으로 가입했다.
전국경제인연합회(전경련), 대한상공회의소, 한국무역협회, 중소기업협동조합과 함께 소위 ‘경제 5단체’에 포함되며, 스스로 ‘노사 간 협력체제의 확립과 기업경영의 합리화, 합리적인 노사관계 정립, 산업평화 정착과 경제발전’을 설립 목적으로 제시하고 있다.
1970년대는 산업화 효과로 각종 노동문제가 큰 사회문제로 대두되기 시작했다. 이에 사용자 측에서도 조직적이고 체계적으로 노동문제에 대응하기 위한 전문조직의 필요성이 인식되었고, 한국경영자협의회가 전국적 조직으로 결성되었다.
설립 이후 1971년에는 경영계 최초로 임금 가이드라인을 제시했으며 1978년에는 노무관리 상담실을 개설했다. 1982년 6월에는 제86차 국제노동기구(International Labour Organization: ILO) 총회에 옵서버(observer) 대표단을 처음으로 파견했는가 하면, 1987년 이후 노동운동의 폭발적 발전에 대응하기 위해 전경련, 대한상의, 무역협회, 은행연합회 등과 함께 1989년 12월 경제단체협의회를 창립했다.
1990년 3월 ‘무노동 무임금 원칙’을 발표했고, 같은 해 4월에는 한국노총과 함께 노사문제 협의기구인 국민경제사회협의회를 설립했다. 1991년 ILO 정회원이 되었고, 1997년에는 「노동법」 개정 관련 노동계 총파업에 대응하기 위한 특별대책반을 편성해 운영하기도 했다. 1998년에는 김대중 정부가 구성한 노사정위원회에 사용자측 자격으로 참여했다.
한국경영자총협회는 2000년대 들어 기존의 노사문제 대응 활동과 함께 노동력 개발, 일자리 만들기, 기업안전 등으로 활동영역을 확대하기 시작했다. 그래서 2002년 산업기술인력 아웃플레이스먼트센터(KEFTOC)를, 2003년 기업안전보건위원회를 설립했고, 2004년에는 일자리 만들기 사회협약(안)을 체결했는가 하면 2005년에는 노사공동 재취업 센터를 설립하기도 했다. 2012년 노무법률 상담센터를 개설하고 2013년에는 고용율 70% 달성을 위한 노사정 일자리 협약을 체결했다.
2018년 손경식 제7대 회장이 취임하면서 경총은 전통적인 노사관계 외에 경제정책, 경영제도, 산업정책, 규제혁신 등 경제 관련 현안까지 업무영역을 확장하면서 ‘종합경제단체’로 거듭나고 있다. 경총은 창립 50주년을 맞이해 다음의 세가지를 전략목표로 세우고, 첫째, 기업의 글로벌 경쟁력 강화를 위한 기업활력 제고, 둘째, 일자리 창출 기반 확충을 위한 고용·노동제도 선진화 셋째, 국민적 지지 확보를 위한 정책대응역량 강화 및 조직혁신 등, 기업의 경제적 동반자로 기업하기 좋은 환경을 조성하기 위해 노력하고 있다. 경총은 경영계를 대표해 ILO에 참여하고, EU, 중국 등 주요국 외교사절 및 주한 외국상공회의소와의 민간경제외교를 통해 기업하기 좋은 환경을 조성하고, 학계 및 전문가 그룹과의 정책협의 및 지방경총을 통한 전국적 네트워크를 형성하고 있다. 2020년 현재 경총은 15개의 지방경총 조직과 함께 4,300여개의 기업이 회원사로 가입하고 있다.