한인 여학생들에게 남녀 차별 없이 평등한 조건 하에 미국 시민으로서의 일반 교육과 한국인으로서의 민족교육을 제공하기 위해 설립되었다.
1913년 2월 3일 하와이 한인들의 초빙으로 호놀룰루에 정착한 이승만은 8월 26일 미국 감리교의 하와이 감리사 와드맨(John W. Wadman: 재직기간 1905∼1914)로부터 한인중앙학원 교장에 임명되었다. 이승만은 먼저 학교 이름을 한인기숙학교(Korean Boarding School for Boys)에서 한인중앙학원으로 바꾸었다. 한인 교육의 중앙이란 의미에서 중앙학원으로 한 것이다. 이승만은 교장 취임과 함께 한인 여학생 5명을 입학시켰다. 최초로 입학한 여학생은 이승만이 지난 7월 마우이섬을 방문했을 때 데리고 온 아이들이었다. 그의 교장 취임으로 한인중앙학원은 처음으로 남녀 공학제로 운영되었고 학생수도 전년도에 비해 3배로 증가해 110여 명이 되었다.
여학생의 입학으로 별도의 기숙사가 필요하자 이승만은 우선 기존 감리교 선교본부의 여선교회에서 운영하고 있던 수산나 웨슬리홈에 기숙하도록 조치하였다. 그런데 웨슬리홈은 한인 여학생들이 한인중앙학원에 다니는 것을 반대하였다. 한인기숙학교가 설립될 당시 이 학교 건립을 위해 여선교회가 상당한 재정을 지원해 주었으며, 이 때 조건이 여학생을 가르치지 않는다는 것이었는데 이승만은 이런 사실을 모르고 있었다. 여선교회를 설득할 수 없다고 판단한 이승만은 한인중앙학원 인근에 월세 집을 얻어 임시로 한인여학생들을 기숙시켰다. 그런 다음 한인 교포들을 상대로 여학생 기숙사 확보를 위한 모금활동을 전개하였다. 3600달러가 모이자 이승만은 이 돈으로 호놀룰루 시내 푸우누이 애비뉴에 새 집을 구입하였다.
그런데 새로 마련한 여학생 기숙사는 한인중앙학원과의 통학 거리가 1시간 정도 되어서 여학생들의 불편이 적지 않았다. 이승만은 기숙사와 학교를 한 곳에 마련하는 것이 최선책이라 판단하고 또 다시 한인들로부터 기부금 모집운동을 전개하였다. 기부금 모집을 전개하기 시작할 때인 1915년 6월 이승만은 한인중앙학원 교장직을 사임하였다.
기부금은 1914년 여름부터 1916년 1월 한인여학원을 설립할 때까지 총 7700달러가 모집되었다. 그 가운데 미국인이 기부한 200달러를 제외하면 모두 한인 동포들로부터 나왔다. 이 기부금으로 호놀룰루 오하우 카운티 클럽 인근 땅 3.5에이커를 구입해 한인여학원을 건립하였고 개교식은 1915년 10월 14일 거행되었다. 이렇게 보면 한인여학원은 한인들에 의해 한인들을 위한 한인들의 학교로, 기존 감리교 선교본부로부터 간섭 받지 않고 독립적이고 독자적으로 운영하는 사립학교가 되었다.
한인여학원은 미국 공립학교 같은 체제로 되어 모두 영어로 수업하였고 한글 교육과 한국 역사 교육을 병행하였다. 특별히 교육 이념으로 기독교 사상과 민족주의 사상을 고취하였다. 학교 운영을 담당한 이사진은 이사장 이승만를 비롯해 미국인 4명 한국인 4명(이희경, 박용만, 안현경, 정원명)의 이사로 구성하였다. 교원은 교장인 스탁스(L. G. Starks)를 비롯해 미국인 교사 2명, 한국인 교사 2명이었다. 1917년 송헌주가 한인중앙학원 교장을 사임하고 한인여학원의 부교장으로 부임하였다. 개교 당시 한인 여학생은 45명이었고 1916년 봄 학기 때 73명으로 증가했다가 그 해 가을 57명으로 축소되었다.
1918년 1월 한인여학원에 처음으로 한인 남학생을 입학시킨 후 학생수가 100여 명으로 증가하였다. 남학생을 받아들인 후 한인여학원의 활동은 크게 활기를 띄었다. 이렇게 되자 이승만은 1918년 9월 학기부터 한인여학원을 8년제 남녀 공학으로 재조직하고 학교 이름도 한인기독학원으로 개명하였다. 기존의 시설로는 확장이 어려워 와이알라에(Waialae) 스트리트 3320번지에 있는 옛 알리이올라니 학교(Aliiolani College)를 임대해 교사(校舍)로 사용하였다.
한인여학원은 1915년 설립 당시 하와이에 중국인과 일본인 이민자들을 위한 학교는 많았지만 한인 여학생을 위한 학교는 전무했을 때 처음으로 설립된 여학교다. 한인들의 자발적인 힘에 의해 건립되었을 뿐 아니라 남여 평등의 정신을 실현한 민족교육기관으로 높이 평가할만한 학교다.