안창식(安昌植)과 채광묵(蔡光黙) 등 홍주의 유생들은 1895년 12월 을미사변과 단발령에 항거하여 청양의 화성에서 향회를 실시한 뒤 민병을 모아 홍주성을 점령하였다. 이들은 12월 3일(음력) 홍주 관아에 창의소를 설치하고 김복한(金福漢: 1860~1924)을 의병장으로 추대하였다. 그러나 창의소를 차린 지 하루 만에 관찰사 이승우(李勝宇)가 배반하고 의병 지휘부를 체포하였다. 체포를 면한 유생들은 이후 의병의 재기를 시도하였다.
1906년 안병찬(安炳瓚) · 채광묵 등은 을사조약의 강제 체결 소식을 듣고 의병을 재기하였다. 이들은 정산에 거주하고 있는 전 참판 민종식(閔宗植: 1861~1917)을 총수로 추대하고 1906년 3월 15일(음력 2월 21일) 예산의 광시에서 봉기하여 홍주성을 점령하였다. 홍주성에서 일본군이 패퇴하자 통감 이토 히로부미(伊藤博文)는 일본군 보병 제60연대 대대장 다나카(田中) 소좌 지휘하의 보병과 기병대를 파견하여 의병 참모장 채광묵 부자 등 300여명을 학살하였다. 의병장 민종식은 간신히 예산 대술에 있는 이남규(李南珪)의 집으로 피신하였다. 민종식 등은 그 해 10월 재기를 도모하였으나 일진회원의 밀고로 이용규(李容珪) 등 주도자들이 체포되었다. 민종식은 미리 피신해 체포를 면했으나 11월 20일 공주 탑산리에서 체포되어 교수형을 선고 받았다.
이후에도 홍성 일대 유림들의 재기 움직임에 불안을 느낀 일제는 이들에 대한 감시와 학대를 강화하였다. 1907년 9월에는 이남규 부자를 체포해 가던 중 귀순을 강요하다 거부 당하니 온양 평촌에서 이들을 학살하는 만행을 저질렀다. 11월에는 김복한이 거병을 밀의하였다고 하여 악형을 가하였다. 김복한 · 안병찬 등은 1919년 유림이 파리강화회의에 독립을 청원한 문서인 파리장서에 서명하는 등 이후에도 운동을 계속하였다.
홍주의병은 강렬한 항일 투쟁을 전개하여 타 지역의 의병 봉기에 끼친 영향이 크며, 1910년대 독립전쟁과 나아가 3·1운동으로까지 인적, 사상적으로 계승되고 있는 점에서 그 역사적 의의가 크다.