남북협력기금은 1990년 이후 대한민국 정부가 남북 교류 및 협력을 위하여 조성하는 공적 자금이다. 1990년 8월 1일 제정된 「남북협력기금법」의 목적을 달성하기 위하여 필요한 자금을 확보, 공급하고자 조성하였다. 정부, 통일부가 남북 교류 협력 사업에 긴요한 지원 자금을 마련하는 데 출연금 또는 차입 등의 방식으로 기금을 조성할 수 있다.
남북 간 교역 및 상호 간 교류 · 협력을 위하여 필요한 자금을 마련하고 운용하려는 목적에 따라 조성되었다.
1990년 8월 1일에 제정된 「남북협력기금법」에 따라 설치된 기금이다. 기금의 재원은 ① 정부 및 정부 외의 자의 출연금, ② 통일부 장관이 다른 기금, 금융기관 등으로부터 장기 차입한 자금(기획재정부 장관 및 관계 중앙 행정 기관의 장과 사전 협의), ③ 「공공자금관리기금법」에 의한 공공 자금 관리 기금으로부터의 예수금, ④ 기금의 운용 수익금, ⑤ 기타 대통령령이 정하는 수익금 등으로 마련한다.
기금의 운용 및 관리의 주체는 통일부 장관이며, 통일부 장관은 대통령령이 정하는 바에 따라 기금의 운용, 관리에 관한 사무를 금융기관에 위탁할 수도 있다. 통일부 장관이 기금의 운용 계획을 수립할 때에는 기금 운용 계획 중 경제 및 재정, 금융 정책과 관련된 중요 사항에 대하여 미리 재정경제부 장관 및 기획예산처 장관과 협의하여야 한다. 또한 기금의 운용 및 관리에 관한 기본 정책, 기금 운용 계획, 결산 보고 사항, 기타 통일부 장관이 필요하다고 인정되는 사항 등에 대하여 남북교류협력추진협의회의 심의를 거쳐야 한다.
기금의 용도는 다음과 같다. ① 남북한 주민의 남북 간 왕래에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다. ② 문화 · 학술 · 체육 분야 협력사업에 필요한 자금의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다. ③ 교역 및 경제 분야 협력사업을 촉진하기 위한 보증 및 자금의 융자와 그 밖의 지원이 가능하다. ④ 교역 및 경제 분야 협력사업 추진 중 대통령령으로 정하는 경영 외적인 사유로 인하여 발생하는 손실을 보상하기 위한 보험에 사용할 수 있다. ⑤ 교류 · 협력을 촉진하기 위하여 환전 등 대금 결제의 편의를 제공하거나 자금을 융자하는 금융기관에 대한 자금 지원 및 손실 보전과 금융기관으로부터 대통령령으로 정하는 비지정 통화의 인수에 쓸 수 있다. ⑥ 그 밖에 민족의 신뢰와 민족공동체 회복에 이바지하는 남북 교류 · 협력에 필요한 자금의 융자 · 지원 및 남북 교류 · 협력을 증진하기 위한 사업의 지원할 수 있다. ⑦ 차입금 및 공공자금관리기금법에 따른 공공자금관리기금으로부터의 예수금의 원리금 상환에 쓸 수 있다. ⑧ 기금의 조성 · 운영 및 관리를 위한 경비의 지출 등에 사용할 수 있다.
기금의 회계기관은 통일부 장관이 임명하는 기금 수입 징수관, 기금 재무관, 기금 지출관 및 기금 출납 공무원 등으로 구성하여 기금의 수입과 지출에 관한 사무를 담당하도록 규정하고 있다. 또한 통일부 장관은 기금 운용상 필요할 경우, 한국은행이나 그 밖의 금융기관으로부터 자금을 일시 차입할 수 있도록 하였다. 남북협력기금은 「남북협력기금법」을 비롯하여 좀 더 구체적인 「남북협력기금 시행령」, 「남북협력기금시행규칙」, 「남북협력기금 운용관리규정」 등 관련 법률과 규정 등에 의해 관리, 운영되고 있다.
남북한의 상호 교류와 협력을 지원하기 위하여 소요되는 자금의 조성 방법, 관리 및 운용 등에 관한 「남북협력기금법」을 제정하게 되면서 기금을 안정적으로 관리하고 운영할 수 있게 되었다.