대한제과협회는 국내의 제과 · 제빵업에 종사하는 이들의 교류와 협력을 위하여 1963년에 설립되었다.
대한제과협회는 1963년 1월에 대한빵 · 과자협회로 설립되었고, 같은 해 7월 보건사회 부허가 제25호로 사단법인 대한빵 · 과자협회가 탄생하였다. 1966년 1월 (사)대한제과협회로 명칭을 바꾸었고 재건 총회를 가졌으며, 같은 해 3월 (사)대한제과업협회로 개칭하여 보건복지부 제743호로 법인 인가를 취득하였다. 1980년 12월에 다시 (사)대한제과협회로 개칭하여 현재까지 이르고 있으며, 제과 · 제빵 기술인 등 제과업계 종사자의 협회로서 활동하고 있다.
1983년에는 제1회 서울 빵 · 과자국제페스티벌을 개최하였다. 1986년 6월에는 국내 식품 위생 단체 중 최초로 (사)대한제과협회 기관지인 『과자회보』가 창간되었다. 1986년 6월 미국 소맥협회(W.W.A)의 도널드 M. 테일러가 내한하였고, 같은 해 8월 미국 농무성 제빵 기술 촉탁이었던 곤잘레스 내한하여 한국 제과업계 방안을 협의하였다. 1993년 6월에는 업계의 기관지 『과자회보』(현 월간 『베이커리』)를 창간하였다. 1999에는 일본의 제과협회와 각각 MOU를 체결하였다. 2003년에는 국제전시연맹(UFI)의 국제 전시회 인증을 획득하였다. 2004년 7월에는 대한제과협회 회관(면적 375.3㎡)을 매입하였다. 2005년 7월에는 식품위생법 개정으로 제과점 업종이 독립하였였으며, 프랑스 제과협회(ENSP)와 협정서를 체결하였다. 2006년에는 중국의 제과협회와 각각 MOU를 체결하였다. 2007년 9월에는 노동부의 제42회 전국 기능 경기 대회에서 제과 · 제빵 종목이 정식으로 채택되었다. 2013년 3월에는 보건복지부에서 식품의약품안전처로 법인이 이관되었다. 2019년에는 11월 20일부터 23일까지 제19회 서울 빵 · 과자페스티벌 및 아시아베이커리컵 대회(TOP PATISSIER IN ASIA)를 개최하여 국내 산업 활성화를 유도하였으며 국제 교류의 장을 마련하였다. 참가국은 한국, 일본, 중국, 대만, 베트남, 말레이시아 등이고, 장소는 코엑스(COEX)이었다.
대한제과협회는 1972년에 한국제과고등기술학교(현 한국제과학교)를 설립하였으며, 1973년에는 제과 제빵 기능인 국가 기능 검정을 실시하도록 건의하여 승인받는 일을 주도하였다.
대한제과협회의 주요 활동 사항은 다음과 같다. 먼저 각종 경연 대회는 서울 국제 경진 대회, 우리쌀 빵 기능 경진 대회, 한국 학생 제과 경영 대회, 끼리크림치즈 경연 대회가 있다. 각종 기술 세미나로는 국산 밀을 이용한 빵 세미나 등이 있다. 다음으로, 국제 교류 활동 및 국제 전시회 참가는 중국 제과식품당제품협회(베이커리차이나쇼), 대만제과협회(인터내쇼날베이커리쇼), 일본 양과자협회연합회(재팬케이크쇼) 등 행사에 매년 참관하고 있다. 국제 선수단 및 연수단 파견은 월드베이커리컵대회(프랑스, 일본, 미국, 독일, 대만 등)가 있다.
대한제과협회의 조직은 114개의 지회와 지부로 구성되어 있는데, 지회는 25개, 지부는 89개가 있다. 총회는 회장단, 이사회, 감사로 구성되어 있으며, 분화위원회는 운영, 전략 기획, 경영, 교육, 구매, 국제협력, 기술, 기획, 대외협력, 법 제정, 연혁, 제빵 연구, 조직, 홍보 등 14개 분과로 구성되어 있다. 조직도는 서울특별시지회가 12개 있는데, 지부로는 강남, 서초, 마포 지부가 있으며, 광역시지회는 부산광역시 14개, 대구광역시 8개, 경상남도 4개, 광주광역시 6개, 전라남도 4개, 울산광역시 5개, 대전광역시 5개, 인천광역시 7개 지부로 구성되어 있다. 도지회는 경상남도 10개, 충청남도 3개, 충청북도 1개, 전북특별자치도 4개, 경기도 12개, 강원특별자치도 4개, 제주특별자치도 1개로 구성되어 있다.
대한제과협회는 서울특별시 서초구 남부순환로 335길 37 대한제과협회 회관 4층에 있다.