왜관에는 1635년(인조 13)에 대마도로부터 대관(代官) 24인이 파견되어 공·사무역의 업무를 관리하였는데, 1684년(숙종 10)에는 12인으로 감원되었고, 임기는 3년이었다. 이와는 별도로 1639년에는 관수(館守)의 제도를 실시, 왜인을 관리하게 하였는데, 최초의 관수는 우치노(內野權兵衛, 平智連)였다.
관수의 임기는 2년이었는데, 이 밖에 재판왜(裁判倭)·금도왜(禁徒倭)·통사왜(通詞倭)·서승왜(書僧倭)가 파견되어 관내에 거주하였다. 관수왜는 왜관내에 출입하는 자를 검색하고, 잠상(潛商 : 밀무역)을 적발하였으며, 국가에서 정한 경계를 넘어와 범죄하는 왜인을 대마도에 통보하는 일을 맡아보았다.