국립수산물품질관리원(國立水産物品質管理院)은 경기도 고양시 일산동구 하늘마을로(중산동)에 있었으나 2015년 3월 부산광역시 영도구 해양로 337(동삼동 1159)번지로 이전하였다. 1937년 조선총독부에 있던 수산제품검사소(水産製品檢査所)가 시초이다. 광복 이후 1949년에 상공부 중앙수산검사소(中央水産檢査所)를 거쳐, 1961년에 농림부 산하 중앙수산검사소로 이전되었다.
1981년에는 11개 지소를 갖춘 농수산부 수산청 국립수산물검사소(國立水産物檢査所)로 변경되었으며, 1996년에는 해양수산부 산하로 이전되었다. 2001년에는 인천공항지원을 신설하며 12개의 지원을 가진 해양수산부 국립수산물품질검사원(國立水産物品質檢査院)으로 승격되었다.
2004년에는 평택지원과 동해출장소를 신설하였다. 2008년에 농림수산식품부를 거쳐, 2011년에 농림수산검역검사본부 수산물안전부(水産物安全部)로 개편되었으며, 2013년 3월에 해양수산부 산하 국립수산물품질관리원으로 개편되었다.
국립수산물품질관리원은 운영지원과(기획·인사, 관리·제정, 정보화, 시험분석1, 시험분석2) , 검역검사과(검역, 위험평가, 수출, 국제어업관리), 품질관리과(품질관리, 원산지관리, 안전성, 소금)로 운영되고 있다.
2020년 기준으로 부산지원, 인천지원, 인천공항지원, 서울지원, 평택지원, 장항지원, 목포지원, 완도지원, 여수지원, 제주지원, 통영지원, 포항지원, 강릉지원, 전주지원 등 14개 지원으로 전국 각 지역에서 업무를 수행하고 있다.
과거 1940~1950년대에는 조선 총독의 지휘·감독 아래 지소를 관리하는 업무에 한정되어 직접 수산 제품검사는 하지 않았다. 광복 후 1952년부터 수출 수산물에 대한 검사를 본격적으로 실시하였다.
이후 1970~1980년대 들어 원양어업이 급성장하여 원양어획물(참치 등) 생산량이 증가함에 따라 이탈리아, 서유럽 등지로 수출하기 위한 위생 및 방사능 증명서 발급 업무가 중점이 되었다.
1992년 3월부터 수입 수산물 검사가 부산지소에서 전국지소로 확대되었지만, 김포공항으로 항공 운송되는 수입 활·선수산물에 대해서는 마땅히 검사할 지소가 없어 본소(서울특별시 종로구 원남동) 제1검사과에서 김포공항으로 출장검사를 실시하였다.
김포공항을 통해 수입되는 수산물은 활·선수산물이 대부분이었기 때문에 신속한 검사가 이루어지지 않으면 폐사 또는 선도 저하 우려가 높았다. 따라서 본소에서 김포공항까지 거리가 멀어 1995년 4월에 김포공항 내 서울지소를 신설하고 수입 검사업무를 이관하였다.
2001년에는 이식용 수산물 검역업무가 국립수산과학원으로부터 이관됨에 따라 조직처리기와 형광현미경 등 첨단장비를 도입하여 점농어와 실뱀장어 등에 대한 이식용 정밀검사를 수행하고 있다.
최근 수산물 원산지 표시제도에 따른 수산물 원산지 단속을 통해 유통질서 확립과 소비자 보호에 힘쓰고 있으며, 신고포상 제도를 병행하고 있다. 그리고 수산물 등록·인증제도 시행에 따라 ‘품질인증’, ‘전통식품’, ‘친환경수산물’, ‘지리적표시’ 라벨 등을 부여하고 있다.
또한 소금 품질검사제도 시행에 따라 소금의 불법유통을 근절하고, 우리나라의 고품질 소금 보호 및 안전한 소금 보급에도 기여하고 있다. 뿐만 아니라 수산물 안정성 조사제도의 시행으로 국내에서 생산·저장·거래되는 전 단계 수산물의 유해물질 안정성을 조사하고 있다.