의금부에는 서면과 남면에 2개의 감옥을 두어 이것을 각각 서간·남간이라고 하였다. 처음에는 죄수의 형량에 따라 옥사를 구분하는 제도는 없었으나, 영조 때 서간에는 살인죄수 중 미결자를, 남간에는 완결된 사형수만을 수금하도록 하였다.
따라서 남간에 수금되는 죄수는 중죄인으로, 반드시 그 명단을 왕에게 보고하여 왕으로부터 명령을 받은 뒤 처벌할 수 있었다.
그러나 의금부에는 몇 개의 옥이 더 있었으며, 서간에는 경죄자를 수감하고, 남간에는 모역과 같은 중죄자를 수감했다는 견해도 있다. 남간의 구조는 온돌식이었으며 판목으로 된 벽에 전면에만 높은 창이 있었다. 이러한 남간은 1894년 의금부가 법무아문 권설재판소로 개편됨과 동시에 폐지되었다.