신라시대에 총지종(摠持宗)을 창종한 혜통(惠通)을 종조(宗祖)로 삼아 손해봉(孫海棒)이 1948년경상북도 포항에 참회도량(懺悔道場)을 설립한 것이 효시가 된다. 1954년 경상남도 울산시 성남동에 참회원을 개설하고 4월 1일 대한불교참회당교도회 유지재단법인으로 문교부에 등록하였고, 1963년 12월 「불교재산관리법」에 의하여 대한불교진언종 참회당교도회 포교당으로 등록하였다. 1969년 9월 24일 대한불교진언종 참회당총본원으로, 1972년 10월 대한불교진언종으로 명칭을 변경하여 오늘에 이르고 있다.
총본산은 부산광역시 부산진구 전포2동 204-19의 보국사이며, 총무원도 보국사 내에 있다. 진언종의 교세를 크게 확장한 이는 손영진(孫榮振)이며, 현재 종정은 육자(六字), 종리원장은 금광(金光)이다.
종지(宗旨)는 대일여래(大日如來)를 고 밀교(密敎)의 만다라행(曼多羅行)을 실천수행하여 자아완성과 진호국가(鎭護國家)를 목적으로 한다. 소의경전은 『대비로자나성불신변가지경(大毘盧遮那成佛身變加持經)』·『금강정경(金剛頂經)』·『대승장엄보왕경(大乘莊嚴寶王經)』·『보리심론(菩提心論)』·『소실지경(蘇悉地經)』 등 밀교계의 경전이다. 실제 수행으로는 ‘옴마니반메훔’의 6자진언과 광명진언(光明眞言) 등을 외우고, 몸과 입과 뜻의 삼업(三業)을 청정하게 하며, 육바라밀행(六波羅蜜行)의 실천을 권장하고 있다.
정기적으로 대가정진(大家精進)과 개별정진을 행하며, 주요 행사로는 음력 2월 15일의 열반절, 4월 1일의 종단 창립기념일, 4월 8일의 석가탄일, 7월 15일의 백종제(百種祭), 10월 1일의 대재행사(大齋行事), 12월 8일의 성도절(成道節) 등이 있다.
종단기구로는 종단의 종무를 총괄하는 집행기관으로 총무원이 있고, 의결기관으로는 종회, 감사기관으로는 감사원이 있으며, 총무원 밑에 사무국·교무부·재무부·섭외부·신도회가 있다. 1997년 말 현재 사찰 12개, 승려 22명, 신도 3만 6,792명이다.