우리나라 불교 18개 종단 중의 하나이다. 신라의 원효(元曉)를 종조로 하여 1963년 7월 10일경상북도 경주에서 경담(慶潭)이 창종하고 ‘대한불교원효종포교원’이라 하였다. 1963년 12월 6일 「불교재산관리법」에 의해서 문교부에 불교단체등록을 마쳤고, 1967년 8월경주시 배동망월사(望月寺)를 총본원으로 삼았으며, 1970년 11월 산하단체인 민속신앙선도회를 설립하였다. 1971년 3월 25일 원효성사봉찬대재를 개최하였고, 1977년 12월 29일 대한불교원효종으로 명칭을 변경하였다.
총무원은 부산시 동구 초량6동의 금수사에 있으며 서울시 종로구 공평동과 울산광역시 울주군 두서면에 있는 별도의 서울사무소·울산사무소(재단법인)에서 실제적인 업무를 담당하고 있다. 현재의 종정(宗正)은 무진(無盡)이다. 종지는 석가모니의 근본교지와 원효의 화쟁사상(和諍思想)을 이어받아 생활불교를 구현하고, 사회교화와 불국정토 건설에 이바지하는 데 두고 있다.
근본교전은 원효의 『금강삼매경론』·『기신론해동소(起信論海東疏)』·『법화종요(法華宗要)』·『열반종요(涅槃宗要)』·『무량수경종요(無量壽經宗要)』·『발심수행장(發心修行章)』을 본전으로 하고, 원효의 『보살계본지범요기(菩薩戒本持犯要記)』를 율전으로 삼고 있으며, 현대적 대중불교에 맞게 윤리조항을 제정할 수 있도록 하고 있다.
주요행사로는 음력 2월 15일의 열반절, 4월 8일의 석탄절, 12월 8일 성도절 행사가 개최되며, 종단기구는 종단의 중앙종정기관인 총무원과 원로원, 최고의결기관인 종회가 있다.
아울러 법규위원회·상벌위원회·선관윈원회 등의 별도기구를 두고 있으며, 원효양로원 등의 복지시설도 운영하고 있다. 1967년 『원효종성전』을 발간하였다. 1997년 말 현재 사찰 229개, 승려 495명, 신도 7만 879명이다.