정면 4칸, 측면 3칸의 홑처마 팔작지붕건물. 1987년 전라남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 군관청은 조선시대 군관들의 집무소로, 돌산군관청은 1988년에 발견된 망와(望瓦 : 지붕의 마루 끝에 세우는 암막새)의 명문인 ‘乾隆三十年(건륭 30년)’의 연대로 볼 때 1765년(영조 41) 전후에 세워진 것으로 보인다.
현재의 건물은 1989년 부엌칸과 후면의 방 3칸을 전면 툇마루와 합쳐 통간 청마루로 개조하는 등 크게 보수한 것으로, 경사진 언덕에 막돌로 축대를 쌓고 그 위를 평탄하게 닦은 터에 넓은 앞마당을 두고 돌담을 둘렀다. 건물은 앞에 안마당을 둔 남서향의 一자형 본청 건물과 좌우 양 익사(翼舍)가 직교하며 ㄷ자형으로 배치되었다.
평면은 6칸 통간의 중앙 청마루와 1칸반의 좌익사 온돌방, 1칸의 우익사 온돌방, 반칸의 누마루로 구성되었다. 우익사 전면에 설치된 툇마루에는 계자난간(鷄子欄干)이 설치되어 건물의 권위성을 나타내고 있다. 구조방식은 평탄한 대지에 낮은 막돌허튼층쌓기 기단 위에 덤벙주초를 놓고 대부분 두리기둥을 세우고 있다.
본청 건물의 평주(平柱) 머리를 보면 기둥에 보를 얹고 장여를 댄 도리와 결구하였으며, 보 밑에는 기둥 외부는 곧게 절단하고 내부는 비스듬히 절단한 간결한 보아지를 두었다.
천장은 청마루에서 서까래가 노출된 연등천장을, 방에는 평천장을 두었다. 가구형식은 3량가로서 전후 평주 위에 대들보를 걸고 넓은 동자대공(童子臺工)을 세워 종도리를 받치고 있다.