중국에서 유래된 이 법구는 고기의 배 부분을 비워 나무막대기로 고기 배의 양쪽 벽을 쳐서 소리를 내게 하였다. 고기 모양을 취하게 된 데는 두 가지 유래가 전한다. 『백장청규(百丈淸規)』에 의하면 물고기는 언제나 눈을 뜨고 깨어 있으므로 그 형체를 취하여 나무에 조각하고 침으로써 수행자의 잠을 쫓고 혼미를 경책했다고 하였다.
또, 사찰에 전해지는 이야기로는 옛날 한 승려가 스승의 가르침을 어기고 옳지 못한 행동을 하다가 죽었다. 그 승려는 곧바로 물고기의 과보를 받았는데, 등에는 나무가 한 그루 나서 풍랑이 칠 때마다 나무가 흔들려 피를 흘리는 고통을 당하곤 하였다. 마침 그 스승이 배를 타고 바다를 건너다가 물고기로 화현한 제자가 고통을 받는 모습을 보고 수륙재(水陸齋)를 베풀어 물고기를 해탈하게 하였다. 물고기는 지난날의 잘못을 뉘우치며 등에 있는 나무를 고기 모양으로 만들어 모든 사람들이 경각심을 불러일으키도록 했다고 한다.
이 불구는 소리를 내어 대중을 모으도록 하는 데 사용되었다. 『백장청규』에 의하면 식사 때는 길게 두 번을 쳐서 알렸고, 대중을 모두 모을 때는 한 번 길게 쳐서 알렸다. 따라서 처음에는 식당이나 창고 등에 걸어두고 대중을 모으는 데 사용되었으나, 후에 목탁으로 변화되며 독경을 하거나 법회 등의 의식에서 사용하게 되었다.
현재 사찰에서는 새벽예불과 저녁예불, 큰 행사가 있을 때 범종 등과 함께 목어를 치게 되는데, 이는 물속에 사는 모든 중생들을 제도한다는 상징적인 의미를 포함하고 있다. 그 형태도 처음은 단순한 물고기 모양이었으나 차차 용머리에 고기의 몸을 취한 용두어신(龍頭魚身)의 형태로 변형되어 갔으며, 입 사이에 여의주를 물고 있는 형태를 취한 것도 있다.
보통 채색을 입히는 경우가 많으며, 조각이 뛰어난 것은 조선시대 목공예의 우수성을 반영하는 것도 있다. 목어는 목탁의 전신으로 기능상으로 볼 때 현재는 목탁이 목어의 구실을 대신하는 경우가 많다.