본관은 밀양(密陽). 자는 상화(尙和). 할아버지는 예조참판 박광영(朴光榮)이며, 아버지는 군수 박란(朴蘭)이며, 어머니는 나성령(羅城令) 이청(李淸)의 딸이다.
1564년(명종 19) 별시 문과에 병과로 급제하여 승문원권지정자(承文院權知正字)가 되었고, 얼마 뒤 병조좌랑을 거쳐 수찬(修撰)·교리(校理)·동부승지 등을 역임하였다. 그 뒤 외직으로 나가 강원도관찰사를 지내고, 다시 내직으로 돌아와 우부승지가 되었다.
선조가 “세상사람들이 모두 꾀로써 살려고 하는데 숭원만은 그렇지 않다.”고 말할 정도로 왕의 신임이 두터웠다. 그 뒤 평안도관찰사·대사헌·충청도관찰사·도승지 등을 역임하였다.
1592년 임진왜란이 일어나자 왕을 호종하여 선조로부터 보검(寶劍)이 하사되고 도승지를 거쳐 한성좌윤에 올랐다. 호성공신(扈聖功臣) 2등에 책록되었으며, 좌찬성에 추증되고 밀천군(密川君)에 추봉되었다. 시호는 충정(忠靖)이다.