1984년 국보로 지정되었다. 높이 98㎝. 이 동자상 안에서 발견된 복장유물(보물, 1984년 지정)에 의하면, 세조의 둘째 딸인 의숙공주(懿淑公主) 부부가 1466년(세조 12)에 문수동자상을 문수사에 봉안한다고 기록되어 있어, 왕실 발원의 동자상임을 알 수 있다. 동자상임을 알려주는 양쪽으로 묶은 동자 머리를 제외하면, 자세라든가 착의법(着衣法) 등에서 보살상 형식을 따르고 있는 독특한 형식의 동자상이다.
왼쪽 다리는 안으로 접고 오른쪽 다리는 밖으로 둔 우서상(右舒相)의 자세를 취하였다. 또한 오른손은 들어 엄지와 중지를 맞대고, 왼손은 내려서 엄지와 약지를 거의 맞댈 듯이 수인(手印)을 표현하였는데, 매우 섬세하다.
동자와 같이 앳된 미소를 띤 양감 있는 얼굴이라든가, 부드럽게 굴곡진 허리, 균형 잡힌 안정된 신체, 왼쪽 어깨에서 오른쪽 겨드랑이로 비스듬히 묶은 천의(天衣), 신체의 윤곽에 따라 자연스럽게 형성된 부드러운 옷주름 선 등에서 앞 시대의 영향이 엿보인다.
그러나 얼굴을 약간 숙인 모습이나 가슴 아래에까지 올라오는 상의(裳衣: 치마)의 윗부분을 수평으로 처리한 점, 불룩한 가슴의 젖꼭지 표현 등에서 같은 시기에 조성된 수종사(水鐘寺) 팔각오층석탑 출토 금동석가불좌상(1459∼1493년경)과의 친연성을 엿볼 수 있다.
이밖에 왼쪽 어깨에 N자형으로 드리워진 천의 자락이 한 번 둥그렇게 말린 점이나, 목걸이 이외는 장식이 거의 없는 점은 1476년(성종 7)경에 제작된 강진 무위사(無爲寺) 아미타여래삼존좌상의 협시보살상과 비슷하다.
이 문수동자좌상은 연대와 발원자가 뚜렷하고 단독으로 봉안된 희귀한 예로서, 조선 초기의 조각사 연구에 매우 귀중한 자료가 된다. 또한 세조 때의 흥불정책(興佛政策)에 힘입어 왕실에서 조성한 수준 높은 목조상으로, 조선적인 불상미를 새롭게 파악할 수 있는 대표적인 작품이라 할 수 있다.