조선시대에 왕세손을 위한 강학(講學)이나 시위(侍衛)를 맡는 기관이 설치된 것은 1448년(세종 30) 세종의 왕세손을 위한 경우와, 1649년(인조 27) 인조의 왕세손을 위한 경우, 그리고 1751년(영조 27) 영조의 왕세손을 위한 경우 등 몇 번의 사례가 있을 뿐이다.
그런데 1759년에 산(祘)이 새로이 영조의 왕세손으로 책봉되고, 뒤이어 사도세자(思悼世子)가 죽음을 당하면서 그가 바로 왕위계승의 후보자로 됨으로써 종래 왕세손이 가지던 의미와는 달리 그 지위와 중요성이 더욱 높아지고 커지게 되었다.
그에 따라서 『경국대전』에는 규정되어 있지도 않은 왕세손을 위한 배위(陪衛 : 왕세자·왕세손을 모심.)의 기관으로서의 세손위종사가『대전통편』에 오르게 되었던 것이다.
세손위종사는 종6품 아문으로서 좌우장사(左右長史)가 각각 1인, 좌우종사(左右從史)가 각각 1인으로 종7품이다. 관원은 세자익위사에 비하여 품질도 낮고 인원수도 적지만, 세손위종사의 기능은 세자익위사의 경우와 마찬가지로 왕세손을 가까이에서 보도(輔導)한다는 뜻에서 덕행과 경술(經術)이 중시되기도 하였다.