대한불교조계종 제25교구 본사인 봉선사(奉先寺)의 말사이다. 681년(신문왕 1) 의상(義湘)이 창건하여 법성사(法性寺)라 하였다. 936년(경순왕 10) 동진국사(洞眞國師)가 중창하였으며, 1070년(문종 24) 혜거국사(慧炬國師)가 삼창하였다.
회룡사로 불리게 된 것은 1384년(우왕 10)에 무학(無學)이 중창을 한 뒤이며, 여기에는 이성계(李成桂)와 관련된 설화가 전한다. 1384년 이성계는 무학과 함께 이 절에 와서 3년 동안 창업성취를 위한 기도를 하였는데, 이때 태조는 지금의 석굴암에서, 무학은 산등선 가까이에 있는 무학굴에서 각각 기도를 드렸다고 한다.
그 뒤 이성계가 동북병마사가 되어 요동으로 출전하자, 무학은 홀로 남아 작은 절을 짓고 손수 만든 관세음보살상을 모시고 그의 영달을 축원하였는데, 왕위에 오른 이성계가 이곳으로 무학을 찾아와서 절 이름을 회룡사라 하였다고 한다. 또, 일설에는 1403년(태종 3) 태조가 끈질긴 함흥차사(咸興差使)들의 노력에 의하여 노여움을 풀고 귀경한 뒤, 이 절로 무학을 찾아왔으므로 무학이 회란용가(回鸞龍駕)를 기뻐하여 회룡사라 하였다고도 한다.
1630년(인조 8) 비구니 예순(禮順)이 중건하였고, 이후에도 여러 차례의 중수를 거쳐 오다가 6·25전쟁 때 불탄 것을 1954년부터 비구니 도준(道準)이 중건하였다. 현존하는 당우로는 대웅전 · 약사전 · 삼성각 · 선실(禪室) · 요사채 등이 있다. 국가유산으로는 대웅전 앞의 오층석탑과 수조(水槽)와 떡돌, 반파된 석탑 등이 있다.
이 중 오층석탑은 이 절의 창건주로 전하는 의상의 사리 1과가 봉안되었다고 전하나, 석탑의 양식으로 보아 신라시대의 작품으로 보기는 어렵다. 높이 3.2m이며, 고려시대의 작품으로 추정되고 있다.
부속 암자인 석굴암은 출입구가 절 아래 500m쯤 떨어진 곳에 있는 독립된 암자로서 극락보전(極樂寶殿)과 선방(禪房) · 요사채 등을 갖추고 있으며, 이곳에 새겨진 글씨들은 김구(金九)의 휘호이다. 그리고 옛날 무학이 이성계의 창업을 위하여 기도하였던 무학굴은 현재 찾을 수가 없다.