대한불교조계종 제25교구 본사이다. 969년(광종 20)에 법인국사(法印國師) 탄문(坦文)이 창건하여 운악사(雲岳寺)라고 하였다. 그 뒤 조선 세종 때에 이전의 7종을 선교양종(禪敎兩宗)으로 통합할 때 이 절을 주1, 1469년(예종 1)에 세조의 비 정희왕후(貞熹王后) 윤씨(尹氏)가 세조를 추모하여 주2을 보호하기 위해 89칸의 규모로 주5 뒤 봉선사(奉先寺)라고 하였다. 따라서 봉선사라는 이름은 운악사에서 주3을 받든다는 의미가 담겨 있다.
당시 봉선사의 주4은 예종이 직접 썼다고 하며, 1963년 보물로 지정된 남양주 봉선사 동종을 같은 해에 주조하였다고 한다. 1550년(명종 5)에 이 절은 선교양종 중 교종의 수사찰(首寺刹)로 지정되어 전국의 승려 및 신도에 대한 교학진흥의 중추적 기관이 되었다. 그러나 임진왜란 때 전소되었으며, 이듬해인 1593년에 주지 낭혜(朗慧)가 중창하였다. 1636년(인조 14)에 병자호란으로 다시 소실된 것을 1637년에 주지 계민(戒敏)이 중창하였으며, 1749년(영조 25)에는 재점(再霑)이 주6.
1790년(정조 14)에는 나라에서 전국 사찰을 관할하기 위한 5규정소(五糾正所)를 설치할 때 이 절은 함경도 일원의 사찰을 관장하였다. 1848년(헌종 14)에는 화주 성암(誠庵)과 월성(月城)이 중수하였고, 1902년에 도성 안의 원흥사(元興寺)를 수사찰인 대법산(大法山)으로 삼았을 때 이 절은 16개의 중법산(中法山) 가운데 하나로 지정되어 경기도의 전 사찰을 관장하였다. 일제강점기에는 31본산 중 하나로서, 교종대본산으로 지정되어 교학진흥의 주역을 담당하였다.
특히 일제강점기 초기에 1~5대 주지를 맡은 홍월초(洪月初)는 봉선사의 중흥을 이끌었다. 그는 1914년에 청풍루(淸風樓) · 방적당(放跡堂) · 주7 등의 전각을 중수하고, 강원을 열어 청년 승려들을 교육하였고, 1926년에는 대웅전과 주8를 중수하고 삼성각(三聖閣)을 신축하였다. 1927년에는 당시 봉선사 강사였던 안진호로 하여금 본말사 총 24개 사찰의 연혁을 담은 『봉선본말사지』를 편찬케 하여 간행하였다. 그리고 1934년 주9 전에 유언을 남겨 자신이 소유한 토지 2만 6천여 평을 모두 기증하였고, 그 기금으로 이듬해 봉선사에 홍법강원이 설립되었다.
그러나 주10으로 1951년 3월 6일에 법당 등 14동 150칸의 건물이 완전히 소실되었다. 그 뒤 1959년에 화엄(華嚴)이 범종각을 세운 데 이어 1961년부터 1963년까지 운경(雲鏡)과 능허(凌虛)가 운하당(雲霞堂)을 세웠고, 1970년에는 주지 운허(耘虛)가 큰법당을 중건하고 1977년에는 월운(月雲)이 영각(靈閣)을 세워 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 큰법당 · 삼성각 · 개건당(開建堂) · 방적당(放跡堂) · 운하당 · 범종각 · 청풍루(淸風樓) · 요사채 등이 있다. 이 가운데 큰법당은 대웅전과 같은 법당으로서 우리나라에서 최초로 한글 현판을 단 것이다. 법당 사방 벽에는 한글 주11과 한문 『법화경』을 동판에 새겨 놓아 주12. 큰법당은 2012년에 국가등록문화유산으로 지정되었다. 보물로는 남양주 봉선사 동종과 비로자나삼신 괘불도이 각기 1963년과 2012년에 지정되었고, 목조불좌상 · 칠성도 · 독성도가 2011년에 경기도 문화재자료(현. 문화유산자료)로 등록되었다.
그리고 큰법당 앞에는 1975년에 운허가 스리랑카에서 모셔온 부처님 사리 1과를 봉안한 5층탑이 있으며, 1981년에는 운허의 부도탑을 세웠다. 이 밖에도 사찰 안에는 ‘춘원 이광수 기념비’가 세워져 있다. 이 절 옆에 있는 남양주 광릉은 1970년 사적으로 지정되었으며, 1968년 천연기념물로 지정된 크낙새가 주변 숲에 서식한다.