선교양종은 조선 전기에 있었던 불교 종파인 선종(禪宗)과 교종(敎宗) 2개 종파의 통칭이다. 1424년(세종 6)에 세종은 불교의 여러 종파를 선교 양종으로 통합하고, 선종과 교종에 각각 도회소(都會所)를 두어 승과(僧科)의 시행과 승려 인사 등을 관할하게 했다. 이후 이는 『경국대전』을 통해 법제화되었는데 중종대에 양종 체제가 혁파되고 『경국대전』의 불교 관련 도승조(度僧條)가 폐기되었다. 그 뒤 명종대에 선교 양종이 일시적으로 재건되었지만 조선 후기에는 국가에 의해 불교 종파가 공인되지 않았다.
조선 초기 억불 정책으로 불교 종파가 축소되고 토지와 노비와 같은 사원의 경제 기반 상당수가 도로 거두어졌다.
1406년(태종 6)에는 11개 종파, 242개 사원의 사사전(寺社田)과 사사노비(寺社奴婢) 보유를 인정하여 그 수를 지정하고, 그밖의 사찰에서는 수조(收租) 전지와 노비를 속공(屬公)하였다.
1407년에는 기존의 11종을 조계종(曹溪宗) · 천태종(天台宗) · 화엄종(華嚴宗) · 자은종(慈恩宗) · 중신종(中神宗) · 총남종(摠南宗) · 시흥종(始興宗)의 7종으로 바꾸었다.
1424년(세종 6)에는 7개 종파를 선종과 교종으로 통합했는데 조계종 · 천태종 · 총남종을 합쳐 선종으로, 화엄종 · 자은종 · 중신종 · 시흥종을 합쳐 교종이라 하였다. 양종에 소속된 36개의 사찰을 승정 체계 안에서 관리하였다. 이때 승려의 인사와 교단 관리 등을 담당하던 관청인 승록사(僧錄司)를 폐지하고, 대신 선종과 교종의 도회소를 서울 흥천사(興天寺)와 흥덕사(興德寺)에 각각 설치하였다. 그 결과 선종과 교종 각각 18개씩, 총 36사가 승정 체계 안에서 관리되는 사찰로 지정되었고, 승려 수는 선종 1,970명, 교종 1,800명으로 총 3,770명이었다. 또한 사사전은 선종 4,250결, 교종 3,700결로 합계 7,950결이 인정되었다.
선종 18사는 흥천사 · 숭효사(崇孝寺) · 연복사(演福寺) · 관음굴(觀音窟) · 승가사(僧伽寺) · 개경사(開慶寺) · 회암사(檜巖寺) · 진관사(津寬寺) · 대자암(大慈菴) · 계룡사(鷄龍寺) · 단속사(斷俗寺) · 기림사(祇林寺) · 화엄사(華嚴寺) · 흥룡사(興龍寺) · 유점사(楡岾寺) · 각림사(覺林寺) · 정곡사(停穀寺) · 석왕사(釋王寺)였다.
교종 18사는 흥덕사 · 광문사(廣文寺) · 신암사(新巖寺) · 감로사(甘露寺) · 연경사(衍慶寺) · 영통사(靈通寺) · 장의사(莊義寺) · 소요사(逍遙寺) · 속리사(俗離寺) · 보련사(寶蓮寺) · 견암사(見庵寺) · 해인사(海印寺) · 서봉사(西鳳寺) · 경복사(景福寺) · 표훈사(表訓寺) · 월정사(月精寺) · 신광사(新光寺) · 영명사(永明寺)였다.
성종대부터 억불 정책의 기조가 다시 강화되어 1472년(성종 3) 도첩의 신규 발급이 일시 중단되기도 했다. 그렇지만 성종 초기에 『경국대전(經國大典)』이 반포되면서 선교양종과 도승, 승과에 관한 규정이 법제화되는 등 승정 체계는 제도적으로 유지되었다. 그러나 연산군대에 이르러 여러 파행을 거치며 양종의 도회소는 경기도 광주의 청계사(淸溪寺)로 이전되었고, 승과도 중단되었다.
반정으로 즉위한 중종은 불교계를 포섭하려 했지만, 기묘사림(己卯士林)이 공론을 주도함에 따라 승정 체계는 막을 내리게 되었다. 1512년(중종 7)에 선교양종 및 양종의 도회소가 폐지되었고, 1516년(중종 11)에는 『경국대전』의 불교 관련 조항이 사문화되어, 불교는 법제적 근거를 잃고 말았다.
1550년(명종 5)에는 문정왕후에 의해 무자격 승려의 급증으로 인한 폐해를 바로잡는다는 명분으로 선교양종이 다시 세워졌고, 도승법과 승과도 다시 시행되었다. 이때 허응 보우(虛應普雨)가 판선종사(判禪宗事)이자 선종 본사 봉은사(奉恩寺)의 주지가 되었고, 수진(守眞)이 판교종사(判敎宗事)로서 교종의 본사 봉선사(奉先寺)의 주지로 임명되었다. 또 왕실과 관련된 내원당(內願堂)이 99개에서 395개소로 크게 늘어났다. 그리고 승과가 재개되면서, 청허 휴정(淸虛休靜)과 사명 유정(四溟惟政) 등 다수의 고승이 배출되어 이후 불교계를 주도하였다. 이와 더불어 도승법을 통해 수천 명이 승려 자격을 얻어 공식적으로 활동할 수 있게 되었다.
문정왕후가 죽은 뒤 선교양종을 존속시키라는 유언에도 불구하고 이것의 폐지를 주장하는 상소가 빗발쳤고, 결국 다음 해인 1566년(명종 21)에 선교양종이 다시 없어지게 되었다.
세종대에 개시된 선교양종은 조선 전기 승정 체계의 근간이 되었으며, 이후 『경국대전』에 도승과 승과 등의 규정이 실리면서 불교는 법제적 뒷받침을 받을 수 있었다. 선교양종은 중종대에 폐지되었지만 명종대에 일시적으로 재건되면서 이후 불교계의 인적 계승이 가능해졌고, 이로 인해 임진왜란의 의승군 활동을 거쳐 조선 후기에 불교가 존립할 수 있는 기반이 형성되었다.