본사(本寺)는 본산(本山)이라고도 한다. 고려 말과 조선 초에는 11종의 종파가 있었고, 이들 종파를 1407년(태종 7) 7종으로 혁파하였는데, 한양을 중심으로 각 종파의 본산이 있었다. 1424년(세종 6)에는 7종을 선교양종(禪敎兩宗)으로 통합하고 교종의 본사는 흥천사(興天寺), 선종의 본사는 흥덕사(興德寺)로 정하였다. 연산군에 의해 선교 양종제가 폐지된 뒤 1550년(명종 5) 양종이 부활되면서 선종의 본사는 봉은사(奉恩寺), 교종의 본사는 봉선사(奉先寺)가 되었으나 1565년에 다시 선교 양종제가 폐지되었다.
조선 사찰령(寺刹令)을 공포한 1911년 전국의 사찰을 30개 구역으로 나누고 각 구역마다 본산 한 절씩을 두었다. 1924년 11월 20일 사찰령 시행 규칙을 개정, 종래의 30본산 제도를 31본산 제도로 확립하였는데, 31본산은 다음과 같다.
경기도의 봉은사(奉恩寺) · 봉선사(奉先寺) · 용주사(龍珠寺) · 전등사(傳燈寺), 충청북도의 법주사(法住寺), 충청남도의 마곡사(麻谷寺), 경상북도의 동화사(桐華寺) · 은해사(銀海寺) · 고운사(孤雲寺) · 김룡사(金龍寺) · 기림사(祇林寺), 경상남도의 해인사(海印寺) · 통도사(通度寺) · 범어사(梵魚寺), 전북특별자치도의 위봉사(威鳳寺) · 보석사(寶石寺), 전라남도의 대흥사(大興寺) · 백양사(白羊寺) · 송광사(松廣寺) · 선암사(仙巖寺), 강원도의 건봉사(乾鳳寺) · 유점사(楡岾寺) · 월정사(月精寺), 황해도의 패엽사(貝葉寺) · 성불사(成佛寺), 평안남도의 영명사(永明寺) · 법흥사(法興寺), 평안북도의 보현사(寶賢寺), 함경남도의 석왕사(釋王寺) · 귀주사(歸州寺) 등의 30본산과 1924년 11월에 본사로 승격된 전라남도의 화엄사(華嚴寺)이다.
이후 불교계는 1941년 4월 <조선불교조계종총본산태고사법>을 제정하여 ‘사격을 총본사, 본사, 말사의 3종(제7조)’으로 하고 ‘태고사(현 조계사)를 총본사로 지정(제8조)’하였다. 1945년, 광복을 맞이한 불교계는 불교 혁신을 위한 방안들을 논의하였는데, 그중의 하나가 교구제 문제였다. 교정(敎政) 기구의 개혁을 논의하면서 일제가 제정한 <사찰령>을 부정하고 <조선불교조계종총본산태고사법>과 31본산제를 폐지하였다. 그리고 그 대안으로 <조선불교교헌>을 제정하고, 이전 본산 체제를 각 도에 교구 교무원을 설치하여 각 도 교정의 중심으로 삼도록 하는 도별 교구제로 전환하였다. 서울의 중앙총무원과 13교구의 체제를 형성한 것이다. 이 도별 교구제는 불교정화운동의 과정을 거쳐 비구와 대처의 통합 종단까지 유지되는데, 이후 불교재건비상종회는 통합 종단의 종명을 현재의 대한불교조계종으로 정하는 한편 도별 교구제를 폐지하고 오늘날의 교구제인 25교구본사제를 제정한다. 당시 지정된 교구본사는 제1교구본사 총무원 직할, 제2교구본사 용주사, 제3교구본사 건봉사, 제4교구본사 월정사, 제5교구본사 법주사, 제6교구본사 마곡사, 제7교구본사 수덕사, 제8교구본사 직지사, 제9교구본사 동화사, 제10교구본사 은해사, 제11교구본사 불국사, 제12교구본사 해인사, 제13교구본사 쌍계사, 제14교구본사 범어사, 제15교구본사 통도사, 제16교구본사 고운사, 제17교구본사 금산사, 제18교구본사 백양사, 제19교구본사 화엄사, 제20교구본사 선암사, 제21교구본사 송광사, 제22교구본사 대흥사, 제23교구본사 관음사, 제24교구본사 선운사, 25교구본사 봉선사이다.
현재 대한불교조계종은 위의 25교구 본사 중 3교구 본사를 건봉사에서 신흥사로 변경하고, 특별 교구인 군종 교구와 (미국 동부)해외 교구를 각각 1곳씩 신규로 지정한 것 이외에는 통합 종단 출범 시의 25교구 본사 체제를 그대로 유지하고 있다. 대한불교조계종의 25교구 본사는 제1교구 본사 조계사(曹溪寺), 제2교구 본사 용주사(龍珠寺), 제3교구 본사 신흥사(神興寺), 제4교구본사 월정사(月精寺), 제5교구 본사 법주사(法住寺), 제6교구 본사 마곡사(麻谷寺), 제7교구 본사 수덕사(修德寺), 제8교구 본사 직지사(直指寺), 제9교구 본사 동화사(桐華寺), 제10교구 본사 은해사(銀海寺), 제11교구 본사 불국사(佛國寺), 제12교구 본사 해인사(海印寺), 제13교구본사 쌍계사(雙磎寺), 제14교구본사 범어사(梵魚寺), 제15교구본사 통도사(通度寺), 제16교구 본사 고운사(孤雲寺), 제17교구 본사 금산사(金山寺), 제18교구 본사 백양사(白羊寺), 제19교구 본사 화엄사(華嚴寺), 제20교구 본사 선암사(仙巖寺), 제21교구 본사 송광사(松廣寺), 제22교구 본사 대흥사(大興寺), 제23교구 본사 관음사(觀音寺), 제24교구 본사 선운사(禪雲寺), 제25교구 본사 봉선사(奉先寺) 등이다. 이 중 제20교구 본사 선암사는 대한불교조계종과 한국불교태고종 간 소유권 소송이 장기간 지속되었는데 2022년 법원이 한국불교태고종의 실효적 지배를 인정하였다.
본사에 예속된 절을 말사(末寺)라고 한다.