2000년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로 지정되었다. 불상 높이 59㎝, 무릎 폭 45.5㎝. 불상에서 발견되었다는 조성발원문은 지금까지 공개된 적이 없어 조성 사찰이나 조각승 등에 대해 알려진 것이 없으나 1610년에 제작되었다고 한다.
문수사 목조여래좌상은 높이가 59㎝인 중형 불상으로, 상체를 곧게 세우고 머리를 앞으로 약간 내밀고 있다. 머리에는 경계가 불분명한 육계(肉髻)와 뾰족한 나발(螺髮)이 표현되어 있고, 머리 중앙에 반원형의 중간계주(中間髻珠)와 정수리에 윗부분이 둥글고 낮은 원통형의 정상계주(頂上髻珠)가 있다. 타원형의 얼굴에 아래를 향해 가늘게 뜬 눈은 눈꼬리가 살짝 위로 올라가고, 삼각형의 코는 콧날이 곧게 뻗었으며, 입은 미소를 짓고 있다. 목에는 완만한 곡선의 삼도(三道)를 자연스럽게 표현하였다.
오른쪽 어깨에 걸친 대의자락은 목에서 수직으로 가슴까지 늘어지고 나머지 대의(大衣) 자락이 팔꿈치 방향으로 자연스럽게 넘어가 팔꿈치와 배를 지나 왼쪽 어깨로 넘어간다. 오른쪽 어깨에 걸친 편삼과 대의 자락이 배에서 접혀 넓게 펼쳐지고, 하반신에 늘어진 대의 자락은 배에서 수직으로 한 가닥의 옷자락이 늘어지고 좌우로 펼쳐져 있다. 대의 안쪽에 입은 승각기(僧脚崎)는 상단을 수평으로 마무리하고 대각선으로 접혀 있다. 불상 뒷면에는 목둘레에 대의 끝단을 두르고, 왼쪽 어깨에 앞에서 넘어온 대의 자락이 길게 늘어져 있다. 수인은 오른손을 가슴 높이까지 치켜들고, 왼손을 무릎 위에 자연스럽게 올려놓고 엄지와 중지를 맞대고 있다. 이와 같은 수인은 조선 후기에 제작된 석가불이 취한 항마촉지인과 다르다.
문수사 목조여래좌상은 17세기 전반에 제작된 기년명(紀年銘) 불상과 비교해 보면, 착의법이나 신체 비율 등이 1600년부터 1630년 사이에 제작한 불상과 유사하다. 조선 후기에 제작된 석가불은 대의 안쪽에 편삼을 걸치지 않고 항마촉지인을 취한 작품이 대부분이지만, 문수사 목조석가여래좌상은 아미타여래와 같이 편삼을 입고 엄지와 중지를 맞댄 자세를 하고 있다. 이러한 양식적 특징은 17세기 전반에 활동한 각민(覺敏) 원오(元悟, 願悟), 수연(守衍)이 만든 불상과 다르지만, 하반신에 늘어진 대의자락의 처리 등은 수연이 만든 불상과 유사하다.
문수사 목조여래좌상은 1610년에 제작된 기년명 불상으로 조선 후기 불교조각사 연구에 기준작이고, 17세기 전반에 활동한 각민이나 수연과 관련된 조각승이 만든 것으로 추정된다.