『별기』 필사본은 '종교대학장본(宗教大學藏本)(만치[萬治] 2년(1659))'과 '금택문고본(金沢文庫本)(가마쿠라[鎌倉]시대)', ‘경도대학도서관본(京都大學圖書館本)’ 3종이 일본에 전한다. 이 가운데 '종교대학장본'을 『대정신수대장경』 44권에 수록하였다. 『별기』는 당 법장(法藏)의 『기신론의기』나 태현(太賢)의 『대승기신론내의략탐기(大乘起信論內義略探記)』에 다수 인용되어 있다. 일본에서는 743년(덴표[天平] 15년) 이후 여러 차례 사경한 기록이 있다. 8세기 동아시아에 『별기』가 유통되었음을 확인할 수 있다. 그런데 8세기 이후 중국과 한국에서는 『별기』의 유통이나 활용 상황을 알기 어렵다.