동남제도개척사(東南諸島開拓使) 김옥균(金玉均)은 1884년 울릉도의 개발 자금 조달을 위해 울릉도 삼림 등의 이권을 담보로 차관 교섭을 진행하고자 도일하였다. 그 수행원이자 개척사 종사관인 백춘배(白春培)는 일본의 민간 선박 반리마루[萬里丸]의 선장으로 미야자키현(宮崎縣) 사람인 와타나베 스에키치(渡邊末吉)와 계약을 맺고 울릉도의 목재를 고베(神戶)까지 운송하는 일을 맡겼다. 1885년 반리마루에 의해 목재는 고베로 반출되었다. 그러나 갑신정변의 실패로 김옥균이 일본으로 망명하는 등 조선의 정국에 변화가 생기자 울릉도에서 반출된 목재의 처리를 둘러싸고 조일 양국 간에 외교 문제가 발생하게 되었다.
1886년 반리마루의 선장인 와타나베는 조선 측이 목재의 운송 대금을 지불하지 않았다며 일본 정부에 보호를 요청하였고, 이에 따라 일본 정부는 백춘배와 맺었던 계약 문서를 제시하며 조선 정부에 운송 비용 전액의 지불을 요구했다. 김옥균 관련자들이 일방적으로 맺었던 조약은 무효라는 입장을 견지하던 조선 정부는 이를 거부하였다. 그러나 거듭되는 일본 정부의 보상 요구에 외교적 부담을 느낀 조선 정부는 1889년 고베로 운송된 목재를 경매에 붙여 대금의 배상에 충당하기로 합의함으로써 반리마루사건을 둘러싼 문제는 마무리되었다. 목재는 고베에서 경매에 붙여져 3,512엔에 낙찰되었고, 와타나베에게는 그가 청구했던 3,178엔 27전 8리에서 최초 신고에서 누락되어 있었던 부분을 제외한 2,667엔 84전이 교부되었다.
반리마루사건은 일본인에 의한 울릉도 목재의 무단 벌채 및 반출을 막고 계약에 의해 울릉도의 목재를 판매하려고 추진한 김옥균의 울릉도 개발 정책 추진 과정 속에서 발생하였다. 갑신정변 실패의 영향으로 조선과 일본 양국 간에 반리마루사건이라는 외교문제가 일어났지만, 조선정부는 배상을 통해 문제를 해결하고 울릉도 개척을 계속해서 추진해 나갔다.