1990년 전라남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 1660년(현종 1) 경잠(敬岑) · 경준(敬俊) · 문정(文正) 등이 초창하여 1698년(숙종 24) 호암(護巖)이 중창하였고, 1824년(순조 24) 해붕(海鵬) · 눌암(訥菴) · 익종(益宗) 등이 재중수하여 현재에 이르고 있다.
정조가 후사가 없자 선암사 눌암대사에게 100일 기도를 부탁하여 순조 임금을 얻게 되었는데, 후에 순조가 그 은혜에 보답하기 위하여 ‘人(인), 天(천)’, ‘大福田(대복전)’이라는 친필 현판을 하사하였다. 이 현판은 현재 건물의 내부에 걸려 있다.
원통전의 좌향(坐向)은 동남향으로 정면 3칸, 측면 3칸 丁자형 건물로, 정면에 2개의 기둥과 2개의 활주(活柱)를 내어 처마선을 길게 돌출시켰다. 내부는 내진(內陣)과 외진(外陣)으로 나뉘어 내진의 배면 한쪽을 막아 불상을 안치하는 불단으로 사용하고 있다. 예전에는 내진간의 배면 이외에는 모두 문이 있었다고 한다.
또한 『조선고적도보(朝鮮古蹟圖譜)』에 나타난 사진을 보면, 외부 벽에는 배면에만 벽이 있고 전면과 양 측면에는 벽이 없이 개방되고 계자난간(鷄子欄干)을 설치한 것을 알 수 있다.
기단(基壇)은 장대석으로, 전면은 약 1m 되는 축대를 쌓아올렸고 양측 면과 후면은 외벌대로 되어 있다. 초석은 덤벙주초와 일부는 원형 다듬돌로 위에 두리기둥을 세웠다. 기둥 위로는 주두를 얹고 창방을 걸었으며, 창방과 장여 사이에 화반(花盤)과 동자주(童子柱 : 세로로 세운 짧은 기둥)가 있다.
화반 위로는 장여 · 도리 · 서까래순으로 짜여져 있다. 내부는 보가 없는 구조로서, 화순 쌍봉사 대웅전과 같은 구조 형식에 속한다. 외진의 천장은 우물반자로 짜여져 있으며, 내진의 천장은 출목을 연결시켜 천장을 이루고 있다. 지붕은 전면의 돌출로 합각이 3곳인 팔작지붕으로 겹처마로 되어 있다.
전면에 양쪽으로 쌍여닫이문과 중앙에 4분합문이 있고, 양측 면에는 쌍여닫이문이 하나씩 있다. 원통전은 평면 형태가 특이하게 되어 있어, 건물 정면의 공포는 모두 귀한대를 가지는 우주 공포의 모습을 띠고 있다.