홍산현 관아의 창건연대는 정확히 알 수 없다. 다만 발굴조사에서 여러 동의 건물지가 2차례 이상 중복되었음이 확인되었다. 또한 조선시대 중기까지 한차례 중건이 있었고, 중기 이후 화재로 무너졌다가 다시 중건되었음이 밝혀졌다.
관아의 동헌과 형방청은 1871년(고종 8)에 다시 세운 것이다. 일제강점기 동헌 건물은 헌병대파견소로 이용되다가 해방 후 1970년까지 홍산지서로 사용하면서 개조되었다. 1984년부여군에서 현재의 모습으로 보수하였다. 형방청은 잠시 수감시설로 사용하다가 1914년에 잠업 전습소로 사용되었다. 해방 후 개인의 살림집으로 사용되면서 충청남도 민속자료 제9호(이정우가옥)로 지정되기도 했다.
관아의 정문인 집홍루는 1964년부소산성 안에 있는 영일대 자리로 이건하면서 영일루로 바뀌었다. 지금의 집홍루는 1994년에 복원한 것이다.
1836년(헌종 2)에 중건한 홍산객사는 1871년(고종 8)과 1983년에 중수하였다.