본관은 이천(利川). 자는 대가(待可), 호는 고청초로(孤靑樵老)·구당(龜堂)·이와(頤窩). 서구령(徐龜齡)의 아들이다. 서경덕(徐敬德)·이중호(李仲虎)·이지함(李之菡)을 사사하였다.
어려서부터 학문에 전념하여 제자백가(諸子百家)는 물론 기술의 이론까지 통달하였으며, 선학(禪學)을 좋아하였다. 특히, 이지함을 만나면서 비로소 유학(儒學)이 정도(正道)임을 깨닫게 되었다. 홍주(洪州)와 지리산·계룡산 근처로 거처를 옮겨다니면서 오로지 학문과 강학에만 전념하였다. 충청남도 공주의 충현서원(忠賢書院)의 별사(別祠)에 배향되었다. 저서로는 『고청유고(孤靑遺稿)』가 있다.