균형 있는 국토개발과 물적 유통에서 증대되는 사회적 비용의 최소화로 국민생활의 안정과 산업활동의 효율적인 지원을 위해 과거 규제주의, 건설·교통 행정에서 탈피하고, 사회간접자본에 대한 투자와 운영의 효율적인 연계체계를 확립하기 위하여 1994년 12월「정부조직법」을 개정하여 건설부와 교통부를 건설교통부로 통합하였다.
교통부의 건설기술국·수자원국·건설경제국·도로국이 건설지원실로 통합되고 주택국과 도시국은 주택도시국으로 통합되었으며 교통부의 화물유통국은 수송정책실심의관으로 흡수, 폐지되었다. 또한 관광기능은 문화관광부로 이관되었다.
조직은 장·차관 각 1인과 차관보 1인을 두어 장·차관을 보좌하게 하고 장관 밑에 공보관, 차관 밑에 감사관을 두며 건설교통부의 정책 및 기획을 조정하고 이를 심사분석하며 예산·행정관리·투자심사·전산통계 및 법제에 관한 사무를 관장하는 기획관리실을 두고 건설지원실·수송정책실·국토계획국·토지국·주택도시국·육상교통국·항공국을 두었다.
건설교통부의 모체인 건설부와 교통부의 연혁을 보면 1955년 부흥부로 신설되었다가 1961년 건설부로 개편되어 지속되어 왔고 교통부는 대한민국 정부출범과 동시에 근 반세기 동안 존치되어 오다가 건설교통부로 흡수되었다.
외청으로 철도청이 있으며 서울·원주·대전·이리·부산 등 5개 소에 지방국토관리청과 제주개발건설사무소 및 한강홍수통제소가 있고, 외국(外局)으로는 수로국이 있었다.
건설교통부의 지도감독을 받는 기관으로는 대한주택공사·산업기지개발공사·한국도로공사·한국토지개발공사·한국수자원공사가 있고, 산하재단법인으로 대한건설협회·대한건축사협회·해외건설협회·대한전무건설협회·건설공제조합·국토개발연구원 등이 있었다.
2008년 기존의 건설교통부에 해양 업무, 지적(地籍) 업무를 관장케 하여 국토해양부가 출범하였다. 이후 2013년 3월 해양 업무가 신설된 해양수산부에 이관되면서 국토해양부가 국토교통부로 명칭을 변경하였다.
국토교통부의 소속기관으로 국토교통인재개발원, 국토지리정보원, 중앙토지수용위원회사무국, 지방국토관리청, 지방항공청, 철도특별사법경찰대, 항공교통센터, 홍수통제소(한강·낙동강·금강·영산강), 항공·철도사고조사위원회 등이 있다. 본 기관은 세종특별자치시 도움6로 11 정부세종청사에 있다.