1967년 8월에 설립되었으며 초대소장은 원병오(元炳旿)였다.
주요사업으로는 야생조류의 분류와 생태 및 보호와 이용에 관한 기초연구, 표본수집과 진열·전시, 외국표본의 교환, 일반인의 계몽과 교육, 연구사업의 수행과 간행물 발행, 정부 및 유관기관과의 자문, 국내외 학술정보교환, 국제교류이다. 『한국조류목록(韓國鳥類目錄)』(1976)·『한국의 새-천연기념물』(1984) 등의 간행물을 발간하였다.
또한, 현재까지 연구논문집을 정기적으로 간행하고 있다. 주요업적은 미국정부와 공동연구한 <철새이동에 관한 연구-새 발목에 표지를 매달아 회수하는 작업> 을 비롯하여 천연기념물인 조류의 실태조사 및 보호에 관한 연구, 한국조류의 센서스, 국토개발 전후의 조류집단 변화와 생태계의 영향 및 평가 등이다.
1994년 2월 독일의 훔볼토대학 자연사박물관, 폴란드 생태학연구소, 헝가리 자연사박물관 등과 자매결연을 하고 있다. 한국산 조류표본 약 7,000여 점을 소장하고 있는 국내유일의 연구소로 대학부속 자연박물관에도 조류표본을 항시 진열하고 있다.