1962년 2월에 중견 수산기술자 양성을 위하여 군산수산초급대학으로 설립되었다. 개교 당시는 군산시 동흥남동의 구 군산사범학교 교사에서 출발했으나, 1966년 3월 군산수산고등전문학교로 개편된 후 현재의 위치로 교사를 신축, 이전하였다.
1971년 12월에는 도립에서 국립으로 이관되었고 1975년 3월에 군산수산전문학교로, 1979년 3월에 군산수산전문대학으로 개편되었다. 교시는 ‘자립’이며 교육방침은 ‘깨끗한 학교, 연구하는 교수, 공부하는 학생’으로 장차 사회에 나가 소임을 완수할 수 있는 기술자 양성에 주력하였다.
특히, 승선(乘船)계열학과 재학생의 승선실습을 위해서 3척의 실습선을 마련, 매년 해외 주요항구를 운항하는 원양실습을 실시하였다. 전문대학으로는 유일하게 한 · 독기술협력사업을 하였으며, 학생활동으로는 특히 연극반이 많은 활약을 하였다. 1992년 3월에 군산대학교에 통폐합되었다.