1997년 전라북도 문화재자료(현, 전북특별자치도 문화유산자료)로 지정되었다. ㄱ자형 평면의 한옥교회로 전주선교부의 테이트(Tate, L. B.) 선교사에 의해서 설립되었다. 조선예수교장로회 사기(史記)에 따르면, 최초 교회건물은 1905년에 5칸으로 건립되었으나, 1908년 지금의 자리에 옮겨 건축하였다고 한다. 남북방향으로 놓여진 장축의 평면은 5칸의 장방형이며, 여기에서 동측으로 2칸이 덧붙여져 ㄱ자가 뒤집힌 평면형태를 이룬다.
내부는 통간으로 이루어져 있으며 장축과 단축이 만나는 곳에 강단을 설치하였다. 장축인 남측은 남자석, 단축인 동측은 여자석으로 분리하여 남녀가 나뉘어 예배를 보도록 하였다. 교회의 출입도 남녀를 분리하여 각각의 박공(牔栱)면에 별도의 출입문을 만들었다. 또한 강단 뒤쪽에는 목사의 출입을 위하여 작은 출입문이 있다. 강단은 신도석보다 2단 높게 구성하였다.
5량의 가구구조로서 대들보 위에 바로 중도리와 종보가 결구되어 얹혀지고, 종도리도 종보에서 거의 맞대어 있어 지붕의 물매가 완만하다. 종도리 하단에는 상량문이 남아 있다. 남쪽 부분(남자석)에는 한자로, 동쪽 부분(여자석)에는 한글로 씌어 있다.
바닥은 장마루를 깔았고 내부 벽체 및 천장부에는 목부재를 제외하고 흰색 수성페인트로 마감하고 있다. 지붕은 시멘트기와를 얹은 우진각지붕이다. 벽체는 칸마다 중방(中榜 : 벽 한가운데로 가로지르는 부재)을 지르고, 그 위에 미세기창(두 짝을 한편으로 밀어 겹쳐서 여닫는 문)을 만들어 채광(採光)하고 있다.
이와 같은 ㄱ자형 교회형태는 한국 전통사회의 남녀유별이라는 큰 과제를 건축적으로 해결하는 방안을 모색하는 과정에서 나타난 평면유형이다. 초기에는 교회 내부 중앙에 기둥을 세우고 그 사이에 휘장을 쳐 좌우로 남녀의 예배공간을 구분하던 것을 건축적으로 공간을 분리하여 ㄱ자형 평면을 만들었다.
한식과 양식교회의 특징을 조화롭게 결합시킨 금산교회는 초기 교회건축의 토착화과정을 보여 준다. 1988년 한옥교회 옆에 현대식 2층 교회를 새로 건립하여 지금은 가끔 주일학교의 용도로 이용되고 있다.