『대종교규범』 제3장에 따르면 백두산을 중심으로 동·남·서·북으로 나누어 각각 도본사를 두도록 되어 있으나, 광복 이후로는 남한을 관할하는 남도본사만이 현존하는 실정이다.
이는 다시 남1도·남2도·남3도·남4도의 4개구역으로 나누어 각각의 도본사가 있고, 부여·성주·부산·광주·밀양·상주·공주 등지에 지사(支司)가 있으며, 기타 각지에 시교당(施敎堂) 361개처가 있다.
또한 광복 이후 교단의 원로인 이시영(李始榮)을 중심으로 단군전봉안운동을 전개한 결과 남한에 있는 공공단군전은 50여개소에 이르고 있다.