내무부의 조직은 1919년 11월 공포된 <대한민국임시관제>에 의해 비서국·지방국·경무국·농상공국 등 4개국으로 구성되었다.
지방국은 헌정 주비(憲政籌備)·국회의원선거 및 지방 자치에 관한 사항, 국적 및 인구 조사에 관한 사항, 징병과 징발에 관한 사항, 행정구역 변경 및 설폐(設廢)에 관한 사항, 진재 휼난(賑災恤難)·자선에 관한 사항을 맡아 보았다. 또한 공익 단체·재단의 인허(認許)에 관한 사항, 각 종교 및 제도와 건물에 관한 사항, 명소·고적 보존에 관한 사항, 토목에 관한 사항 등도 맡았다.
경무국은 행정 경찰에 관한 사항, 고등 경찰에 관한 사항, 도서출판 및 저작권에 관한 사항, 위생 일체에 관한 사항 등을 담당하였다. 특히 ≪백범일지 白凡逸志≫에 의하면, 1919년 8월김구(金九)가 초대 경무국장이 된 뒤에 경무국은 일제의 정탐을 방지하고, 독립운동자가 일제에 투항하는 것을 막는 사법 경찰의 기능까지 담당하는 등 그 힘이 막강하였다.
농상공국은 농업·어업·광산 및 개간에 관한 사항, 공업·도량형 및 의장물 특허에 관한 사항, 상업에 관한 사항 등을 관장하였다. 그 밖에도 내무부가 맡아서 국내에 실시한 지방행정 제도로서 연통제(聯通制)가 있었다.
연통제는 1919년 7월 대한민국임시정부 국무원령 제1호 <임시지방연통제>가 공포되면서 시작되었다. 각 도마다 감독부(監督府), 각 군에 총감부(總監府)를 두고, 각 도의 독판(督辨)은 내무총장에 예속되어 총장의 지휘 아래 법령·공문 전달, 독립시위운동 진행을 맡았다. 또한 군인·군속의 징집 및 군수품 운송, 구국금 모금 활동 등을 하였다. 일제의 방해 공작으로 1921년 조직이 파기되기 시작, 활동이 중단되었다.
내무부를 총괄하는 내무총장은 헌정주비위원·선거·지방 자치·경찰·위생·농상 공무·종교·자선에 관한 모든 사무를 관장하였다. 역대 내무총장으로는 안창호(安昌浩)·이동녕(李東寧)·김구·이유필(李裕弼)·조완구(趙琬九)·차이석(車利錫)·조소앙(趙素昻)·홍진(洪震)·신익희(申翼熙) 등이 있었다.