대종교는 1909년에 조직된 이후 일제의 탄압을 계속 받으면서도, 1914년 5월 백두산의 동북 기슭 청파호(靑坡湖)로 총본사(總本司)를 이전하고 적극적인 포교활동을 전개하여 교세가 급격히 확장되었다. 또한, 동북 만주에 흩어져 있던 독립전선이 정신적 구심점을 대종교에 두고 독립운동의 주동세력으로 결속되었다.
이에 당황한 일제는 1915년 10월<종교통제안>을 공포하고 대종교를 불법화하였다. 초대 교주 나철(羅喆)은 이에 항의하여 순교하였으며, 부득이 대종교는 만주, 연해주, 중국 본토 등지에서 활동할 수밖에 없게 되었다.
더욱이 1919년 기미독립운동 이후 무력항쟁이 활발해지자, 일제는 중국 동삼성(東三省)의 정권 담당자 장쭤린(張作霖)과 삼시조약(三矢條約)을 체결하고 본격적으로 만주에 있는 한국인들을 탄압하였다.
이 조약에는 독립군을 일본 영사관으로 인도하기로 하는 조항과 상금제도가 마련되어 있었기 때문에, 독립군의 주동세력을 이루었던 대종교인들은 커다란 곤경에 처하게 되었다. 1926년 12월 길림성장(吉林省長) 겸 독군(督軍)인 장쭤샹(張作相)이 조약을 이행한다는 명목하에 <대종교 포교금지령>을 발포하여 만주에서도 불법화되었다.
교인들은 이러한 조처를 철회시키기 위하여 적극적인 교섭을 벌였으나 일제의 방해공작으로 실패하고, 1928년 중·소국경지대인 밀산현 당벽진(密山縣當壁鎭)으로 총본사를 이전하였다. 1929년 중국의 난징정부(南京政府)로부터 <대종교 포교금지령>에 대한 해제조처를 얻어내었으나, 일제의 만주침략이 시작되어 실효를 거두지 못하고 더욱 어려운 처지에 놓이게 되었다.
그러나 1933년 1월 당시 교주였던 단애종사(檀崖宗師) 윤세복(尹世復)은 포교사업의 재개를 선언하고 일본정부와 교섭을 시작하여 마침내 대종교선도회가 설립되었다. 일제의 설립허가는 5족협화(五族協和:韓·中·日·滿·蒙의 다섯 민족이 협력해서 화합하여 지내자는 주장)를 내세우는 그들의 만주정책을 선전함과 동시에 지하활동을 하고 있던 대종교를 표면으로 드러내어 철저한 감시를 하자는 저의가 숨겨져 있었다.
그나마 재개된 포교활동은 일제의 간섭으로 8개의 시교당(施敎堂)과 영안현 동경성(寧安縣東京城)에 대종학원(大倧學園)을 설립하는 정도였으며, 그뒤 1939년 당시의 만주정권인 신경정부(新京政府)로부터 교적간행(敎籍刊行)의 승인을 얻어내는 데 그쳤다.
이러한 활동성과는 하얼빈 선도회의 설립을 바탕으로 이룩된 것이었으나, 일제는 1942년 11월 교주 이하 중요 간부 24명을 잠행징치반도법(暫行懲治叛徒法)으로 일제히 검거하였다. 대종교에서는 이것을 ‘임오교변’이라고 부른다.