1945년 9월 민족항일기에 있었던 조선축구협회가 같은 이름으로 재건되었다. 우리 나라에 축구가 전파된 것은 1882년(고종 19) 인천항에 상륙한 영국군함의 승무원을 통해서였다.
1921년 제1회 전조선축구대회가 개최되고 이어 1928년 5월 20일에 발족된 조선아식축구심판협회가 모체였다. 1933년 9월 19일 이 협회가 중심이 되어 회장 박승빈(朴勝彬), 부회장 홍성하(洪性夏) 등 임원진을 구성, 조선축구협회를 창설하였으나, 일제의 탄압으로 1942년 2월 해체되었다.
광복 후 재건된 축구협회는 1948년 9월 현재의 명칭으로 개칭되었다. 1948년 국제축구연맹(FIFA)에 가입하였고 1954년에는 아시아국제연맹(AFC)에 가입하였다.
1948년 런던올림픽에 처음 참가하였고 1954년에는 월드컵본선에 최초로 진출하는 영광을 안았으며 1956년과 1960년 아시안컵우승, 1983년 세계청소년축구 4강진출 등으로 축구의 실력을 인정받았다. 1986년부터 4회연속 월드컵 본선에 진출하였고 2002년에는 월드컵을 유치하여 서울에서 개최하게 되었다.
현재 이 협회가 개최하는 대회는 대통령배쟁탈전국고등학교축구대회·대통령배쟁탈전국축구대회·실업축구대회·체육부장관기고교축구대회 등이 있다. 산하단체로는 재일축구협회·실업축구연맹·은행축구협의회·대학축구연맹·전국중고축구연맹 등이 있다.