1909년 8월 30일에 군수 이사필(李思弼)을 중심으로 한 지방주민들의 건의에 따라 공립동복보통학교로 설립되었다. 수업연한 4년에 13세에서 16세까지의 학생이 입학하였으며, 초대교장에는 이사필이 취임하였다.
1912년에 4명의 남학생이 최초로 졸업하였고, 교과과정은 국어·일본어·산술·도화·습자·이과·수신 등을 주로 과하였다. 그 뒤 1922년까지 12회에 걸쳐 141명의 학생이 4년제 보통과로 졸업하였는데, 이 가운데에서 여학생은 2명에 지나지 않았다.
1922년 4월에는 6년제로 개편되었으며, 1938년에 동복공립심상소학교로, 1941년에 동복공립국민학교로 변경되었다. 1951년 2월에 동복국민학교로, 1996년 3월에 동복초등학교로 교명을 변경하였다. 1999년 9월 동복초등학교 가수분교장을 동복초등학교로 통폐합 하였다.
2010년 2월 98회 졸업으로 총 6,677명의 졸업생을 배출하였다. 2010년 현재 7학급에 재학생 54명, 교직원은 19명이다.
교훈은 ‘맑고, 밝고, 힘차게 자라자’로 되어 있다. 1970년부터 1984년까지 군 및 도지정 반공도덕시범학교를 운영하였으며, 1987년에는 도지정 새마을교육시범학교로 지정되었다. 1994년부터 자연과 연구학교, 표준학교 가꾸기, 환경보전 연구학교를 추진하여 학교 환경이 크게 개선되었다.