원래 마제단은 조선초에 동북교(東北郊)에 있었다. 소사(小祀)의 예에 따라 제사하며 출군 1일 전에 행사(行祀 : 제사를 지냄.)한다. 왕이 친제하는 것을 상례로 하였으나, 때에 따라 전사관(典祀官)을 보내서 행사하도록 하였다.
재관(齋官)은 헌관(獻官)을 차출할 때는 3품 이상으로 하고 전사관은 봉상시부주 이하로 선정하도록 하였으며, 집례는 6품, 대축(大祝)·축사(祝史)·재랑(齋郎)·찬자(贊者)·알자(謁者)는 모두 무관으로 충당하였다.
행사에는 재계(齋戒 : 마음과 몸을 깨끗이하고 부정한 일을 멀리하는 것)·산재(散齋 : 제사를 지내기 전에 7일간을 목욕제계하는 것)·치재(致齋 : 제관이 된 사람이 제사전 사흘동안 제계하는 것)의 절차를 거친다. 1689년(숙종 15) 봉상시제조 이우정(李宇鼎)의 주청에 의하여 폐지되었고 지금은 자취마저 없다.