1980년 경상북도 민속문화재(현, 민속문화유산)로 지정되었다. 묵계서원은 보백당(寶白堂) 김계행(金係行)과 응계(凝溪) 옥고(玉沽)를 봉향(奉享)하기 위해 건립한 서원이다.
서원은 1687년(숙종 13)에 창건되었으나, 1869년(고종 6) 대원군의 서원철폐령(書院撤廢令)으로 훼철(毁撤)되었다. 그 뒤 강당과 문루인 읍청루 · 진덕문 · 동재 등을 복원하였으며, 서원 옆에는 보백당선생의 신도비와 비각을 건립하였다.
강당(講堂)은 정면 5칸 측면 2칸 규모의 팔작기와지붕인데, 평면은 어간(御間 : 건물의 중앙칸)의 3간 우물마루를 중심으로 좌우에 온돌방을 둔 중당협실형(中堂挾室形)의 일반적인 평면형태를 취하고 있다.
종택은 정면 6칸, 측면 6칸 규모의 口자형 건물이다. 사랑채는 전면(前面)의 중문 왼쪽에 자리잡고 있는데, 사랑채가 서쪽에 위치한 관계로 사당(祠堂)도 사랑채 왼쪽인 서쪽에 자리잡고 있다.