1880년 전라북도(현, 전북특별자치도) 고창에서 태어난 차경석은 동학혁명 당시 동학 접주(接主) 중의 한 명으로 관군(官軍)에 의해 처형당한 차지구(車致久)의 장남으로, 일찍부터 동학운동에 가담하여 전라북도 순회관(巡廻官)을 지내기도 하였다.
그는 증산교를 창교한 강일순(姜一淳: 호는 甑山)을 만난 뒤로는 자신의 이종사촌 누이인 고판례(高判禮)를 강일순의 부인으로 추천할 정도로 착실한 제자가 되었다.
강일순의 사망에 따라 흩어졌던 그의 제자들이 1911년 고판례의 종교 체험을 계기로 재집결하여 선도교(仙道敎: 뒤에 太乙敎라 함)라는 신종교를 세울 때, 차경석은 중심적 구실을 하였다.
그러나 신도들이 크게 늘어나게 되자, 차경석은 교권을 장악하고 신도들과 고판례와의 접촉을 차단하였다. 이에 고판례는 그를 떠나 별개의 종단을 설립하였다.
차경석은 천지개벽의 문로(門路)가 자기에 의하여 열린다고 주장하면서, 자신은 동방연맹(東邦聯盟)의 맹주가 될 것이고 조선은 세계통일의 종주국이 될 것이라고 예언하였다. 1920년에는 전국의 신도를 60방주(方主)의 조직으로 묶고, 55만 7,700명에 달하는 간부를 임명하기도 하였다.
1921년 차경석은 일본 경찰의 체포령과 비상망 속에서도 경상남도 덕유산 기슭의 황석산(黃石山)에서 대규모의 천제(天祭)를 올리고 국호를 <시국 時國>, 교명을 <보화 普化:뒤에 보천교라 함.>로 선포하였다.
이 때부터 교단 안팎에서는 차경석이 천자로 등극할 것이라는 소문이 크게 떠돌아 갑자등극설(甲子登極說) · 기사등극설(己巳登極說)로 구체화되고, 민간에서는 차경석을 차천자(車天子)라 부르게 되었다. 1922년에는 ≪보광 普光≫이라는 잡지를 발행하고, 1924년에는 ≪시대일보 時代日報≫를 인수하여 운영하기도 하였다.
1922년에는 정읍군 입암면 대흥리에 대규모 교당을 신축하였는데, 건축자재를 백두산의 원시림에서 가져다 쓰면서 6백만 신도를 호칭할 정도로 교세가 대단하였다.
보천교의 세력이 커지자 일제는 교단에 대한 탄압을 가하는 한편, 회유하기 시작하였다.
차경석은 종교활동을 보장받기 위해 조선총독부 정무총감과 내각총리대신에게 친일사절을 파견하는 한편, <시국대동단 時局大同團>이라는 단체를 만들어 전국토를 순회하면서 보천교의 소개와 함께 대동아단결(大東亞團結)을 강조하는 친일적 태도를 보이기 시작했다.
이렇게 되자, 이에 반대하는 보천교혁신운동이 일어났고, 고위간부들이 신도를 이끌고 별도의 교단을 세우는 사태가 일어나게 되어 교세는 크게 약화되기 시작하였다.
이 때 분파는 신현철(申鉉喆)의 태을교를 비롯하여 동화교(東華敎) · 삼성교(三聖敎) · 수산교(水山敎) · 보화교 · 선도교 · 무을교(戊乙敎) · 임무교(任務敎) · 서상근파(徐相根派) · 금산사미륵불교포정소(金山寺彌勒佛敎布政所) · 인천교(人天敎) · 원군교(元君敎) 등이었다. 1936년차경석이 죽고 이어 조선총독부가 <유사종교해산령>을 선포함에 따라 교단은 해체되고 말았다.
8·15광복 후 다시 조직화되었지만 큰 발전을 이루지 못하고 현재 신파와 구파로 분열되어 있다. 신파는 차경석의 아들 용남(龍南)이 주축이 되어 차경석의 교의를 신봉하고 교조로 받드는 반면, 구파는 강일순을 교조로 하고 본부에서 떨어져 나와 같은 마을에 별파를 형성하고 있다. 현재 신파와 구파를 합하여 1만여 명의 신도가 있다.
신앙대상은 초기에는 옥황상제하감지위(玉皇上帝下鑑之位) · 구천하감지위(九天下鑑之位) · 칠성성군하감지위(七星聖君下鑑之位)를 써 붙이고 경천(敬天)이 위주였으나 지금은 삼광영(三光影)을 받든다.
삼광영이란 일(日) · 월(月) · 성(星)을 말하며 이는 모든 조직의 기본이 된다. 기본교리는 인의(仁義)이다. 즉, 인으로 생하고 의로 이룬다는 것이다.
따라서 인의를 행하는 것이 인도(人道)의 시종(始終)이 된다고 한다. 또, 경천 · 명덕(明德) · 정륜(正倫) · 애인(愛人)의 4대 강령과 상생(相生) · 대동(大同)을 강조한다. 의례행사는 4절후 치성과 다섯 차례의 정례치성을 지낸다.
경전은 ≪대도지남 大道指南≫ · ≪이사전서 二師全書≫ · ≪교조약사 敎祖略史≫ 등을 신구파가 공동으로 쓰고 있으며, 각기 다른 몇 권의 책을 가지고 있다.