대한불교조계종 제2교구 본사인 용주사(龍珠寺)의 말사이다. 1208년(희종 4)에 원각국사(圓覺國師)가 창건하고 창성사(彰聖寺)라 하였다.
그 뒤 1400년대 초기에 봉덕사(奉德寺)라 개칭하였으며, 1469년(예종 1)에 혜각(慧覺)이 중수하고 봉녕사라 고쳐 부르게 되었다. 1971년에는 비구니 묘전(妙典)이 좁은 도량을 확장하여 별당과 요사채를 신축하고 선원(禪院)을 개원하였으며, 절 앞쪽으로 불량답(佛糧畓) 2,000여평을 구입하였다.
1979년에는 묘엄(妙嚴)이 주지로 부임하여 승가학원(僧伽學院)을 열었고, 종각의 신축과 함께 대종(大鐘)을 주조하였으며, 2층의 대강당을 신축하여 현재까지 도제양성의 중심도량이 되고 있다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 약사전(藥師殿)·선원·강당·종각·종무소(宗務所)·요사채 3동 등이 있다. 대웅전 안에는 석가모니불과 후불탱화(後佛幀畫)·신중탱화(神衆幀畫) 등이 봉안되어 있고, 약사전 안에는 약사여래상과 독성상(獨聖像)을 비롯하여 후불탱화·신중탱화·현왕탱화(現王幀畫)·독성탱화(獨聖幀畫)·산신탱화(山神幀畫)·칠성탱화(七星幀畫) 등이 봉안되어 있다.
또, 2평의 수각(水閣)은 약수를 보호하기 위하여 지은 것이다. 현재 이 절은 선원과 강원을 함께 갖춘 비구니의 수련도량으로 내실을 기하고 있다.