대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사(金山寺)의 말사이다. 창건연대는 미상이나 백제의 무왕이 왕위에 오르기 전부터 있었던 절로 이 절에는 유명한 지명법사(知命法師)가 있어서 서동(薯童)이 자주 찾아와서 가르침을 받았다.
뒷날 서동이 선화공주를 얻은 뒤 그가 가지고 있던 보물을 신라 궁으로 보내기 위해서 이 절에 있던 지명의 신통력을 빌려 신라 궁으로 보내주었다고 한다. 그러나 지명이 머물렀던 사자사가 오늘날의 사자암인지는 확실하지 않다.
왜냐하면 현재의 암자에서 출토되고 있는 토기나 기와조각 중에 고려 이전의 것으로 추정되는 것이 발견되지 않기 때문이다. 또한 절의 중건 및 중수의 역사도 거의 전래되지 않고 있다.
다만 지난날에는 이 암자를 중심으로 죽사(竹寺) · 수백암(水柏庵) · 만방암(萬房庵) · 영혈사(靈穴寺) · 명적암(明寂庵) · 천정암(天定庵) 등이 있었다고 전하며, 암자 바로 밑 석굴에는 많은 소동불(小銅佛)이 봉안되어 있었다고 하나 지금은 찾아볼 수 없다.
또 암자의 서쪽에 있는 2개의 판자바위(板巖)는 석문(石門)이라고 하는데, 이 절을 창건할 때 바위를 깨낸 뒤 문을 만든 것이라고 한다. 현존하는 당우로는 대웅전과 산신각 · 요사채 등이 있으며, 요사채 앞에는 작은 석탑 1기가 있다.