대한불교조계종 직영사찰이다. 491년(소지왕 13)에 극달(極達)이 창건하였으며, 1641년(인조 19)에 수청(秀廳)이 중창하였다.
그 뒤 1766년(영조 41) 기성(箕城)이 중건하였으며, 1820년(순조 20) 운암(雲巖)이 중수하였다. 1877년(고종 14) 낙허(樂虛)와 월인(月印)이 각각 중수하였고, 1957년에도 중수가 있었다. 1985년 극락전을 중창하고 산신각 · 선방을 지었으며, 1990년에는 칠성각을 개축하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 극락전을 비롯하여 산신각 · 요사채 등이 있다. 중요문화유산으로는 1965년 보물로 지정된 관봉석조여래좌상을 비롯하여 1979년 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 선본암 삼층석탑, 석등대석 등이 있다.
이 중 ‘갓바위 부처’라고도 불리는 약사여래좌상은 원광의 제자 의현(義玄)이 돌아가신 어머니를 위하여 638년(선덕여왕 7)에 이 여래상을 조성하였다고 한다. 지성껏 빌면 한가지 소원은 꼭 이루어지며, 영험이 많다는 갓바위 부처를 예불하기 위하여 불자들의 발길이 끊이지 않는다. 특히 음력 그믐날부터 새달 초이레까지는 하루 2,000명의 신도들이 참배한다. 자연석을 갓 모양으로 머리에 이고 있는 이 불상은 오랫동안 대구광역시 직인동의 태고종 사찰 관암사(冠巖寺)와 권리권을 둘러싸고 법정 시비를 벌인 결과 1971년 1월에 권리권을 확정 받았다.
또 삼층석탑은 약사여래좌상과 선본사 사이의 산릉선 상에 위치하고 있으며 신라 후기의 탑으로 추정되고 있다. 또 선본사 안에는 요사채 옆에 연화대석 및 석등대석이 있는데, 이들 또한 신라 후기의 작품으로 추정된다.