1991년 5월 18일에 설립하였다. 이 위원회는 분쟁의 재정, 2 이상의 특별시·광역시 또는 도에 걸치는 분쟁의 알선 또는 조정, <폐기물처리시설설치촉진 및 주변지역지원 등에 관한 법률> 제10조의 규정에 의한 폐기물처리시설설치계획에 따른 폐기물처리시설, <하수도법> 제2조의 규정에 의한 하수종말처리시설 또는 <오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률> 제2조의 규정에 의한 분뇨처리시설의 설치로 발생이 예상되는 환경오염피해에 대한 분쟁의 알선 또는 조정 등을 관장한다.
그리고 하천의 오염으로 발생이 예상되는 피해에 대한 분쟁의 알선 또는 조정, 환경오염으로 현저하고 광범위한 피해가 발생하여 사회적으로 중대한 영향을 끼치거나 끼칠 우려가 있는 경우에 그 환경오염의 피해로 인한 분쟁의 알선 또는 조정, 기타 대통령령이 정하는 분쟁의 알선 또는 조정 등을 관장한다.
위원장을 포함한 30명 이내의 위원으로 구성하며, 그 중 상임위원은 3명 이내로 한다.
위원장을 포함한 위원은 1급부터 3급까지에 상당하는 공무원 또는 고위공무원단에 속하는 공무원으로 3년 이상 재직한 사람, 판사·검사 또는 변호사로 6년 이상 재직한 사람, 공인된 대학이나 연구기관에서 부교수 이상 또는 이에 상당하는 직에 재직한 사람, 환경 관계 업무에 10년 이상 종사한 사람으로 환경부장관이 자격이 있다고 인정하는 자 중에서 환경에 관한 지식과 경험이 있는 자를 환경부장관의 제청에 의하여 대통령이 임명 또는 위촉한다.
위원장은 위원회의 회의를 소집하고 그 의장이 되고, 위원은 독립하여 해당 분쟁사건에 대한 조정을 행하며, 위원장이 사고로 인하여 직무를 수행할 수 없을 때에는 위원장이 미리 지정한 위원이 직무를 대행한다.
위원회는 그 위원회에 신청된 분쟁사건의 조정을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 당사자의 신청에 의하여 또는 직권으로 당사자 또는 참고인에 대한 출석의 요구 및 진술청취, 감정인에 대한 감정요구, 분쟁사건과 관계 있는 문서 또는 물건의 제출요구 및 유치 등을 할 수 있다.
그리고 위원회의 위원 또는 직원으로 하여금 당사자가 점유하고 있는 공장·사업장 기타 분쟁사건과 관련이 있는 장소에 출입하여 관계문서 또는 물건을 조사·열람 또는 복사하게 하는 행위 등을 할 수 있다. 그리고 위원회의 사무를 처리하기 위하여 사무국을 두고 있다.