경제의 자율화 · 개방화 여건에 맞추어 국가적 차원의 통상기능을 중시하며 상공자원부 조직이 과거 공업화 과정에서 개발산업육성과 수출제일주의 정책을 추진하던 골격을 유지하고 있어, 산업활동에 대한 정부의 간여를 줄이고 대외 통상능력을 강화시켜야 하는 새로운 경제여건에 부응하기 위하여 1994년 12월 「정부조직법」을 개정하여 상공자원부를 통상산업부로 개편하였다.
기존의 통상정책국 · 무역국 · 통상진흥국 등 3개 국을 통상무역실로 통합하고, 자원관련 소관국인 자원정책국 · 석유가스국 · 전력석탄국 등 3개 국은 자원정책실로 통합하였다.
공업정책 분야 업무인 전자정보공업국의 정보통신 관련업무가 정보통신부로 이관됨에 따라 기계소재공업국 · 전자정보공업국 · 석유화학공업국 등 3개 국을 기초공업국과 생활공업국으로 재편하였다.
산업기술국과 산업정책국을 상호 업무영역이 불분명하다는 이유로 산업정책국으로 통합하였다. 조직은 장 · 차관 각 1인, 차관보 1인을 두어 장관이 명하는 업무에 관하여 장관과 차관을 보좌하였다.
장관 밑에 공보관, 차관 밑에 감사관 및 비상계획관을 두었으며 정책 및 기획을 조정하고 이를 심사분석하며 예산 · 행정관리 · 법제 · 전산통계 및 기업활동규제심의 업무를 관장하기 위하여 기획관리실을 두었고 총무과 통상무역실 · 산업정책국 · 중소기업국 · 기초공업국 · 생활공업국 · 자원정책실을 두었다.
1998년 2월 「정부조직법」 개정에 따라 통상관계 사무를 외무부에 통합하여 개편된 외교통상부에 이관하고 산업에 관한 업무는 개편된 산업자원부에 이관하였다. →산업자원부, 외교통상부