1972년 5월 통일연수소로 발족하여 1978년 1월 통일연수원으로 개칭하였고, 그 뒤 1996년 12월에 통일교육원으로 개칭하였다.
주요 기능은 통일문제 및 국민정신교육에 관한 전문가와 교육자의 훈련 및 양성, 통일에 대비한 정부기관·공공기관·사회단체의 간부 및 요원에 대한 교육의 실시 등의 운영을 담당한다.
그리고 통일정책 및 국민정신교육상 특히 필요하다고 인정하는 자에 대한 교육의 실시, 통일문제 및 국민정신문제에 관련되는 교육에 관한 연구 및 자문, 통일문제 및 국민정신교육상 필요한 전시시설의 운영 등을 담당한다.
조직 구성은 원장 하에 교수부, 서무과, 관리과를 두어 운영해 오다가 이후 교수부 및 개발협력부로 체제를 개편하여 운영하였다. 2016년 책임운영기관으로 지정되었으며 2017년에 2부(교육기획부, 교육협력부) 6과(교육총괄과, 교육연수과, 운영관리과, 사회통일교육과, 학교통일교육과, 연구개발과)로 직제가 개편된 후 현재에 이르고 있다.